Bào chữa cho cựu Đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản Vũ Hồng Nam, luật sư Trần Nam Long bày tỏ sự đồng tình với quan điểm của đại diện Viện Kiểm sát về áp dụng 4 tình tiết giảm nhẹ đối với bị cáo Nam, cũng như việc cần có chính sách phân hóa, giảm nhẹ đối với những bị cáo tuy nhận tiền hối lộ do không chống lại được sự cám dỗ nhưng không đòi hỏi, sách nhiễu, gây khó khăn. Đồng thời cho rằng, mức án 4-5 năm tù đối với bị cáo Nam là tương đối phù hợp.
Tuy nhiên, luật sư Long phân tích việc bị cáo Nam tổ chức các chuyến bay về nước xuất phát từ lương tâm , trách nhiệm phải làm; hành vi nhận tiền, vụ lợi cho bản thân không phải là mục đích khiến bị cáo Nam lao vào công việc, tổ chức các chuyến bay đưa công dân về nước.
Mặt khác, cả hai lần nhận tiền đều là các doanh nghiệp chủ động mang quà đến cảm ơn, bị cáo Nam chỉ biết là tiền khi các doanh nghiệp đã ra về. Theo đó, luật sư Long đề nghị Hội đồng xét xử xem xét giảm hình phạt cho thân chủ của mình xuống còn 3 năm tù để phù hợp với thái độ thành khẩn, nhận sai, sửa sai và ghi nhận những cống hiến của bị cáo Nam trong công tác ngoại giao.
Tương tự, bào chữa cho bị cáo Nguyễn Hồng Hà (cựu Tổng Lãnh sự Việt Nam tại Osaka – Nhật Bản), luật sư Trần Bình Tuấn cho biết khi nhận tiền, bị cáo Hà luôn day dứt, băn khoăn và nhận thức được việc nhận tiền “cám ơn” này là phạm tội nên đã tự nguyện, chủ động nộp toàn bộ số tiền này ngay sau khi vụ án bị phát hiện và ngay trước khi bị cáo bị khởi tố bị can.
Luật sư Tuấn đồng tình với nhận định của Viện Kiểm sát với bị cáo Hà, bị cáo duy nhất có 5 tình tiết giảm nhẹ, bị cáo duy nhất là con liệt sĩ, đồng thời kiến nghị cho bị cáo được miễn hình phạt do đã thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, chủ động nộp lại toàn bộ số tiền chiếm đoạt và khắc phục toàn bộ hậu quả.
Bào chữa cho bị cáo Lê Thị Ngọc Anh (cán bộ Ban Đối ngoại Trung ương Đảng), luật sư Vũ Xuân Nam cho rằng hành vi của bị cáo Ngọc Anh có dấu hiệu của tội “Môi giới hối lộ” hơn là “Đưa hối lộ”. Luật sư Vũ Xuân Nam phân tích, dấu hiệu đặc trưng của tội "Đưa hối lộ" là yêu cầu người nhận hối lộ xâm phạm hoạt động đúng đắn hoặc khi người có chức vụ, thẩm quyền yêu cầu thì người đưa hối lộ đồng ý. Trong số các bị cáo nhận hối lộ của Ngọc Anh để thực hiện việc cấp phép, phê duyệt chuyến bay có 2 bị cáo là Lê Tuấn Anh và Phạm Trung Kiên không phải là người có thẩm quyền quyết định việc cấp phép chuyến bay. Với bị cáo Kiên, tất cả các hồ sơ được Cục Y tế dự phòng đưa lên, bị cáo đều phải trình lên lãnh đạo Bộ Y tế, chứ không được phép can thiệp hoặc chỉnh sửa danh sách. Đối với bị cáo Lê Tuấn Anh, như đã khai tại Tòa, do Phòng Bảo hộ công dân có nhiều việc nên bị cáo hỗ trợ. Số tiền bị cáo Tuấn Anh đã nhận được của Ngọc Anh là 7.500 USD, bị cáo không đưa và không chia cho ai.
Như vậy, số tiền các doanh nghiệp đưa cho 2 cá nhân này không được xác định là tiền đưa hối lộ để được cấp phép chuyến bay, vì 2 cá nhân này không có thẩm quyền để tác động hay quyết định việc cấp phép chuyến bay. Số tiền này trừ đi số tiền đã đưa cho 2 cá nhân không có thẩm quyền cấp phép chuyến bay là Kiên (22.000 USD) và Tuấn (7.500 USD).
Như vậy, theo luật sư Vũ Xuân Nam, tổng số tiền Ngọc Anh đưa hối lộ cho các cá nhân có thẩm quyền cấp phép các chuyến bay là 123.500 USD và 500 triệu đồng (tương đương hơn 3,3 tỷ đồng).
Trong số các cựu cán bộ ngoại giao, bị cáo Trần Việt Thái (cựu Đại sứ Việt Nam tại Malaysia) bị cáo buộc liên quan sai phạm trong 8 chuyến bay, đưa 1.891 người đã chấp hành xong án phạt tù về nước. Bị cáo Thái bị đại diện Viện Kiểm sát đề nghị 5-6 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Đại diện Viện Kiểm sát cho rằng bị cáo Thái và ba bị cáo là cựu cán bộ Đại sứ quán Việt Nam tại Malaysia đã có sai phạm thu hơn 4,6 triệu đồng khi cấp mỗi cuốn hộ chiếu nhưng chỉ nộp ngân sách với mức 1,6 triệu đồng/cuốn... Đại sứ quán Việt Nam tại Malaysia đã thu hơn 43 tỷ đồng của 1.891 người trên, trong số này bị cáo Thái dùng 33 tỷ đồng tổ chức các chuyến bay. Với 10 tỷ đồng còn lại, một số cán bộ chia nhau 5 tỷ đồng.
Bị cáo Thái bị cáo buộc hưởng lợi 580 triệu đồng, đã nộp khắc phục 5,6 tỷ đồng. 5 tỷ đồng đưa vào sử dụng tại Đại sứ quán cũng đã được cán bộ tại đây nộp lại.
Tự bào chữa tại phiên tòa, bị cáo Thái cho rằng bị cáo "không cố tình thu khống" mà thu cho các tình huống cấp bách. Bị cáo Thái giải thích: Tình hình lúc đó rất căng thẳng, Đại sứ quán bắt buộc phải có kinh phí dự phòng cho nhiều tình huống. Rủi ro khác nữa là trại giam ở xa, người mãn hạn tù không quay lại được... Nếu mỗi tháng tổ chức một chuyến bay thì coi như phải nuôi thêm một tháng.
Theo bị cáo Thái, khi Đại sứ quán vào cuộc, tổ chức chuyến bay với giá chỉ 20-35 triệu đồng/người, một số đối tượng cò mồi nghĩ là bị "đạp đổ nồi cơm" nên cố tình viết đơn tố cáo bị cáo và một số cán bộ trong Đại sứ quán.
Mặt khác, bị cáo Thái nói do không có quyết toán nên không biết là tiền thu thừa khoảng 10 tỷ đồng và khoản này bị coi là thiệt hại vụ án. Nếu có thiệt hại, bị cáo và các cựu cán bộ Đại sứ quán sẵn sàng bồi thường và bản thân bị cáo cũng đã bồi thường hơn 5 tỷ đồng. Bị cáo xin nhận sai phạm mong được Hội đồng xét xử xem xét giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo.