Thực hiện chỉ đạo của Ủy ban kiểm tra Trung ương và của Tỉnh ủy Sơn La, các cấp ủy và Ủy ban kiểm tra các cấp đã kiểm tra, xem xét, thi hành kỷ luật đối với một tổ chức đảng. Cùng với đó, cấp ủy, Ủy ban kiểm tra các cấp đã kiểm tra, xem xét theo thẩm quyền đối với 100 đảng viên. Trong đó, thi hành kỷ luật 83 đảng viên; phê bình nghiêm khắc 9 đảng viên; đang kiểm tra, xem xét đối với 6 đảng viên; chưa xem xét theo quy định đối với 2 đảng viên (lý do đang nghỉ thai sản).
Cụ thể, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Sơn La kết luận Đảng ủy Sở Giáo dục và Đào tạo có vi phạm là buông lỏng lãnh đạo, để xảy ra tình trạng nhiều đảng viên vi phạm các quy định của Đảng và pháp luật của Nhà nước đến mức phải kỷ luật.
Các đảng viên bị khai trừ gồm: Trần Xuân Yến (nguyên Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Nguyễn Thị Hồng Nga (nguyên cán bộ Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh); Lò Văn Huynh (nguyên Trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh); Đặng Hữu Thủy (nguyên Phó Hiệu trưởng Trường Trung học phổ thông Tô Hiệu); Cầm Thị Bun Sọn (nguyên Phó Trưởng phòng Chính trị - Tư tưởng, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh); Nguyễn Thanh Nhàn (nguyên Phó trưởng Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh); Đinh Hải Sơn và Đỗ Khắc Hưng (nguyên cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La).
Bên cạnh đó, đơn vị chức năng đã kiểm tra và kết luận 26 đảng viên là lãnh đạo Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh, thành viên Hội đồng thi, Ban Thư ký Hội đồng thi… có vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong thực hiện nhiệm vụ được giao tại Kỳ thi Trung học phổ thông quốc gia năm 2018. Cụ thể, 17 đảng viên bi thi hành kỷ luật bằng hình thức khiển trách với; 1 đảng viên bị cảnh cáo; 6 đảng viên bị phê bình nghiêm khắc.
Cùng với đó, đơn vị chức năng kết luận 5 đảng viên có vi phạm liên quan đến công tác lãnh đạo, chỉ đạo, tổ chức thực hiện nhiệm vụ bảo vệ an ninh trong Kỳ thi Trung học phổ thông quốc gia năm 2018.
Trong số đảng viên bị kỷ luật, có 46 người là cha, mẹ của thí sinh được nâng điểm trái quy định trong Kỳ thi Trung học phổ thông quốc gia năm 2018. Cụ thể, 1 đảng viên bị thi hành kỷ luật bằng hình thức cách tất cả các chức vụ Đảng; 12 đảng viên bị cảnh cáo; 32 đảng viên bị khiển trách; 1 đảng viên bị phê bình nghiêm khắc. Ngoài ra, Ủy ban kiểm tra Tỉnh ủy Sơn La cũng thi hành kỷ luật với 19 đảng viên là đối tượng trung gian để nhờ nâng điểm cho các thí sinh.
Trước đó, Ủy ban Kiểm tra Trung ương, Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật đối với ông Hoàng Tiến Đức, Tỉnh ủy viên, Bí thư Đảng ủy, Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La bằng hình thức cách tất cả các chức vụ trong Đảng. Ủy ban Kiểm tra Trung ương cũng thi hành kỷ luật đối với ông Phạm Văn Thủy, Tỉnh ủy viên, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Sơn La, bằng hình thức cảnh cáo.
Cũng liên quan đến vụ việc này, vừa qua Tòa án nhân dân tỉnh Sơn La đã mở phiên tòa xét xử sơ thẩm vụ án hình sự gian lận thi cử trong Kỳ thi Trung học phổ thông quốc gia 2018 đối với bị cáo Trần Xuân Yến và đồng phạm về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn để nâng, sửa điểm cho 44 thí sinh. Tuy nhiên, sau 4 ngày xét xử (từ ngày 15 – 18/10), căn cứ vào phần xét hỏi, tranh luận tại phiên tòa đã xuất hiện nhiều tình tiết mới cần được làm rõ, đặc biệt là có dấu hiệu của tội đưa và nhận hối lộ. Theo đề nghị của Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La và luật sư, xét thấy thiếu nhiều chứng cứ của một trong những vấn đề phải chứng minh mà tại tòa không thể làm rõ được, Hội đồng xét xử của Tòa án nhân dân tỉnh Sơn La đã ra quyết định trả lại hồ sơ vụ án để điều tra bổ sung.
Hội đồng xét xử đề nghị làm rõ động cơ, mục đích của các bị cáo thực hiện việc nâng điểm cho 44 thí sinh, từ đó xem xét, khởi tố hành vi đưa hối lộ, nhận hối lộ, môi giới hối lộ, làm rõ nguồn gốc, hành vi đưa nhận tiền của các bị cáo. Làm rõ nguồn gốc các khoản tiền; việc đưa, nhận tiền của các bị cáo và những người liên quan nhờ sửa, nâng điểm cho các thí sinh.