Theo Tổng cục Hải quan, hệ thống VNACCS/VCIS do Chính phủ Nhật Bản viện trợ hoạt động theo nguyên tắc xử lý tự động. Do đó, từ 24h ngày 11/4/2020, hệ thống đã được thiết lập để hoạt động tự động theo nguyên tắc tự động tiếp nhận, tự động trừ lùi số lượng gạo xuất khẩu trong hạn ngạch được phép xuất khẩu theo nguyên tắc tờ khai đăng ký trước sẽ được trừ vào hạn ngạch xuất khẩu trước, ngay sau khi người khai hải quan gửi thông tin tờ khai hải quan đến hệ thống và không có sự can thiệp của công chức hải quan.
Hệ thống hải quan điện tử đã cho mở tờ khai xuất khẩu gạo từ 24h ngày 11/4/2020 và đến 19h34 ngày 12/4/2020 đã có 40 doanh nghiệp đăng ký tờ khai xuất khẩu tại 13 Chi cục Hải quan với số lượng gạo đăng ký tờ khai xuất khẩu là 399.999,73 tấn.
Đại diện Tổng cục Hải quan khẳng định, không có việc thiếu công khai, minh bạch trong việc đăng ký này bởi hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoạt động liên tục 24/7 và các doanh nghiệp đều nắm được thông tin này.
Tổng cục Hải quan cho biết, hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tự động dừng tiếp nhận thông tin đăng ký tờ khai hải quan nếu số lượng đăng ký chạm mốc hạn ngạch được phép xuất khẩu trong tháng 4 là 400.000 tấn.
Cụ thể, thương nhân đăng ký tờ khai hải quan trước sẽ được trừ vào hạn ngạch xuất khẩu trước. Số lượng khai trên tờ khai hải quan đã đăng ký sẽ được trừ lùi vào số lượng được phép xuất khẩu trong tháng 4. Trường hợp tờ khai hải quan không còn giá trị làm thủ tục hoặc số lượng thực xuất ít hơn số lượng đã khai hải quan thì số dư sẽ được cộng trở lại số lượng được phép xuất khẩu trong tháng 4.
Cùng với đó, tờ khai hải quan có giá trị làm thủ tục hải quan cho tới khi tổng số lượng đăng ký xuất khẩu của các tờ khai chạm mốc 400.000 tấn (tờ khai hải quan có số lượng vượt quá mốc 400.000 tấn sẽ không có giá trị làm thủ tục hải quan).
Trước đó, thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về việc xuất khẩu gạo trong bối cảnh dịch bệnh và hạn hán, xâm nhập mặn theo thông báo tại văn bản số 2827/VPCP-KTTH ngày 10/4/2020 của Văn phòng Chính phủ, ngày 10/4/2020, Bộ trưởng Bộ Công Thương đã ban hành Quyết định số 1106/QĐ-BCT công bố hạn ngạch xuất khẩu gạo trong tháng 4/2020. Quyết định có hiệu lực kể từ 0h ngày 11/4/2020; trong đó có quy định về nguyên tắc quản lý hạn ngạch.
Tuy nhiên, có nhiều doanh nghiệp xuất khẩu gạo không kịp đăng ký tờ khai hải quan (đăng ký trực tuyến) cho số lượng 400.000 tấn gạo được phép xuất khẩu trong tháng 4/2020. Các doanh nghiệp xuất khẩu gạo đã gửi công văn, đơn kiến nghị lên Thủ tướng Chính phủ xem xét giải quyết. Theo quan điểm của doanh nghiệp việc cho mở tờ khai vào lúc gần sáng như trên là thiếu công khai, minh bạch.