Ban chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Bộ trưởng các cơ chế, chính sách thuộc ngành, lĩnh vực trong phạm vi quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đáp ứng yêu cầu phát triển vùng Đồng bằng sông Cửu Long; các giải pháp nâng cao hiệu quả điều phối phát triển vùng theo Nghị quyết số 120/NQ-CP ngày 17/11/2017 của Chính phủ về phát triển bền vững Đồng bằng sông Cửu Long thích ứng với biến đổi khí hậu.
Ban chỉ đạo giúp Bộ trưởng điều phối, đôn đốc các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ thực hiện các nhiệm vụ trong việc điều phối phát triển vùng Đồng bằng sông Cửu Long, tham mưu điều phối vùng sản xuất trọng điểm; tham mưu điều phối các chương trình, dự án của Chính phủ và tổ chức quốc tế; phối hợp với Tổ điều phối cấp tỉnh kịp thời giải quyết các vấn đề liên kết trong vùng thuộc phạm vi quản lý của Bộ.
Cùng với đó là cung cấp thông tin và tham mưu, đề xuất các chương trình dự án liên quan tới chủ trương phát triển ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn, tác động của các cơ chế, chính sách của ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn đối với phát triển vùng Đồng bằng sông Cửu Long.
Ban chỉ đạo tham mưu Bộ trưởng báo cáo và triển khai chỉ đạo của Hội đồng điều phối vùng; theo dõi, đôn đốc và giúp Bộ trưởng giải quyết các vấn đề điều phối trong vùng Đồng bằng sông Cửu Long thuộc thẩm quyền của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; tổng hợp, báo cáo Văn phòng Hội đồng điều phối vùng, Bộ trưởng theo định kỳ 6 tháng, hàng năm về tình hình thực hiện nhiệm vụ điều phối phát triển vùng Đồng bằng sông Cửu Long.
Ban chỉ đạo do ông Trần Thanh Nam, Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm Trưởng ban; ông Nguyễn Văn Việt, Vụ trưởng Vụ Kế hoạch làm Phó trưởng ban. Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn là cơ quan thường trực, giúp việc Ban chỉ đạo.
Quyết định này thay thế Quyết định số 3588/QĐ-BNN-TCCB ngày 11/9/2020 về việc thành lập Tổ giúp việc điều phối vùng Đồng bằng sông Cửu Long của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn giai đoạn 2020-2025.