Thủ tướng Chính phủ đồng ý với kết luận và kiến nghị nêu trong Kết luận thanh tra số 2634/KL-TTCP ngày 03/10/2016 và Kết luận thanh tra số 2632/KL-TTCP ngày 03/11/2016 của Thanh tra Chính phủ.
Thủ tướng Chính phủ giao Thanh tra Chính phủ khi công bố chính thức Kết luận thanh tra và tiến hành xử lý sau thanh tra: Phân tích, đánh giá nguyên nhân khách quan, chủ quan dẫn đến hậu quả thiệt hại và thua lỗ của từng dự án; xác định rõ phạm vi trách nhiệm của tập thể, cá nhân để xảy ra sai phạm trong từng dự án và theo từng giai đoạn, từ giai đoạn đầu tư xây dựng nhà máy đến giai đoạn đưa nhà máy vào hoạt động.
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Công Thương tổ chức đánh giá hiệu quả của từng dự án, chỉ đạo thực hiện có hiệu quả các nội dung của Đề án phát triển nhiên liệu sinh học trong thời gian tới phù hợp với cơ chế thị trường, đảm bảo hiệu quả kinh tế và yêu cầu bảo vệ môi trường.
Bộ Công Thương chỉ đạo Tập đoàn Dầu khí Việt Nam kiểm tra, làm rõ thực trạng hoạt động của từng dự án, khẩn trương xây dựng phương án tháo gỡ khó khăn, giải quyết những tồn tại và đề xuất biện pháp giải quyết lên Thủ tướng Chính phủ.
Các bộ, ngành có liên quan phối hợp thực hiện nghiêm túc những nội dung kiến nghị nêu trong Kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ.