Theo đó, Bộ Tài chính đề nghị Tổng cục Thuế giữ nguyên hoạt động và tổ chức bộ máy của 3 Chi cục Thuế Quận 2, Quận 9 và Quận Thủ Đức trên địa bàn thành phố Thủ Đức thuộc Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh để thực hiện nhiệm vụ quản lý thu thuế trên địa bàn các phường thuộc thành phố Thủ Đức trực thuộc thành phố Hồ Chí Minh.
Cụ thể, Chi cục Thuế Quận 2 thực hiện nhiệm vụ quản lý thuế trên địa bàn các Phường: An Khánh, An Lợi Đông, An Phú, Bình Trưng Đông, Bình Trưng Tây, Cát Lái, Thảo Điền, Thạnh Mỹ Lợi và Thủ Thiêm (địa bàn các Phường thuộc Quận 2 cũ). Chi cục Thuế Quận 9 thực hiện nhiệm vụ quản lý thuế trên địa bàn các Phường: Hiệp Phú, Long Bình, Long Phước, Long Thạnh Mỹ, Long Trường, Phú Hữu, Phước Bình, Phước Long A, Phước Long B, Tăng Nhơn Phú A, Tăng Nhơn Phú B, Tân Phú và Trường Thạnh (địa bàn các Phường thuộc Quận 9 cũ).
Đồng thời, Chi cục Thuế Quận Thủ Đức thực hiện nhiệm vụ quản lý thuế trên địa bàn các Phường: Bình Chiểu, Bình Thọ, Hiệp Bình Chánh, Hiệp Bình Phước, Linh Chiểu, Linh Đông, Linh Tây, Linh Trung, Linh Xuân, Tam Bình, Tam Phú và Trường Thọ (địa bàn các phường thuộc Quận Thủ Đức cũ).
Bộ Tài chính giao Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế chỉ đạo Cục trưởng Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh có trách nhiệm phân công 1 Chi cục Thuế làm đầu mối để tổng hợp chung tình hình quản lý thuế của 3 Chi cục Thuế và cử Lãnh đạo Cục Thuế phụ trách, điều hành, phối hợp với các đơn vị chức năng của thành phố Thủ Đức để thực hiện nhiệm vụ liên quan đến quản lý thuế trên địa bàn, đơn vị đầu mối có trách nhiệm báo cáo về tình hình hoạt động quản lý thu thuế trên địa thành phố Thủ Đức và thực hiện nhiệm vụ phối hợp các cơ quan địa phương và Trung ương.
Trong thời gian triển khai xây dựng Cơ quan Thuế thành phố Thủ Đức, giao Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh giữ vững ổn định về bộ máy, không gây xáo trộn về nhân sự làm tốt tư tưởng, chính trị đối với cán bộ, công chức, viên chức và người lao động các Chi cục Thuế trên địa bàn thành phố Thủ Đức.