Nhiều địa phương trong tỉnh bị cô lập hoàn toàn như huyện Đồng Xuân, một số xã của huyện Tuy An và thị xã Sông Cầu.
Ghi nhận tại xã An Hiệp, huyện Tuy An, nước lũ đổ về khá lớn. Nhiều khu dân cư ngập nặng khiến người dân không thể đi lại; tại thôn Mỹ Phú 2, nước lũ dâng cao ngập đến nửa nhà. Trạm Y tế xã An Hiệp bị ngập sâu trong nước. Do lũ đổ về quá nhanh nên nhiều gia đình không kịp di dời tài sản.
Thời điểm nước lũ tràn, vợ chồng ông Lương Tấn Tâm và bà Phạm Thị Ngọc Kha (trú ở xã Hòa Bình 1, huyện Tây Hòa, tỉnh Phú Yên) chở nhau trên xe máy, khi đi qua cống Hoa Ly trên Quốc lộ 1 thuộc thôn Mỹ Phú 2 (xã An Hiệp) gặp nước chảy xiết và bị ngã. Rất may, người dân ở gần đó đã kịp thời cứu thoát vợ chồng ông Tâm bà Kha còn chiếc xe máy bị nước lũ cuốn trôi xuống cống.
Tuyến Quốc lộ 1 qua địa bàn các xã An Hiệp, An Cư và thị trấn Chí Thạnh (huyện Tuy An) cũng bị ngập cục bộ từ 0,2 mét đến 0,5 mét; nghiêm trọng nhất là đoạn qua dưới chân đèo Quán Cau nước ngập khiến cho lái xe không thể tránh "ổ gà, ổ voi" làm cho xe bị mất lái. Đã có một vụ tai nạn xe buýt xảy ra trên tuyến khiến giao thông bị ách tắc và chỉ còn lưu thông được một phía chiều Bắc – Nam.
Trước diễn biến phức tạp của mưa lũ, ông Bùi Văn Thành, Chủ tịch UBND huyện Tuy An cho biết: Huyện huy động toàn bộ lực lượng tập trung chống lũ. Lực lượng công an, bộ đội, dân quân tự vệ ứng trực liên tục tại các điểm xung yếu; cương quyết không cho người và phương tiện qua lại ở những nơi bị ngập sâu. UBND huyện đã có công văn khẩn yêu cầu các trường cho học sinh nghỉ học vào chiều 26/11 để đảm bảo an toàn.
Tại thị xã Sông Cầu có mưa rất lớn, nước từ trên núi và thượng nguồn đổ xuống gây ngập nhanh. Ở các khu vực ven sông suối, nhiều hộ dân không kịp di chuyển đồ đạc. Tại cảng cá Dân Phước (phường Xuân Thành, thị xã Sông Cầu), một tàu cá công suất 240 CV đã bị chìm.
Tại huyện miền núi Đồng Xuân, nước sông Kỳ Lộ lên nhanh gây ngập sâu 3 tuyến đường chính về trung tâm thị trấn La Hai là quốc lộ 19C, tỉnh lộ 641 và đường đi huyện Vân Canh (tỉnh Bình Định) dẫn đến chia cắt nhiều khu dân cư trên địa bàn huyện Đồng Xuân.