Các đơn vị lưu ý sẵn sàng triển khai phương án điều động tàu thuyền đang hoạt động trong cảng đi tránh bão hoặc ra khu neo đậu tránh, trú bão; có phương án bảo đảm hệ thống cần cẩu trên cầu tàu; áp dụng các biện pháp cần thiết nhằm chống tác động xấu của thiên tai đối với kết cấu hạ tầng hàng hải. Đồng thời, lên phương án bảo vệ an toàn, giảm thiểu đến mức thấp nhất thiệt hại do thiên tai gây ra đối với hàng hóa, máy móc, thiết bị; phải có phương án phòng chống cháy, nổ đối với kho chứa hàng hóa dễ cháy, nổ.
Ngoài ra, các đơn vị thường xuyên kiểm tra, duy trì hệ thống thoát nước trong cảng bảo đảm thông thoát, tránh úng ngập; xây dựng phương án ứng phó thiên tai cụ thể trong trường hợp tàu thuyền neo đậu tại cầu cảng để phòng chống thiên tai.
Đặc biệt với các nhà máy đóng tàu, Cục trưởng Lê Đỗ Mười yêu cầu có các phương án khẩn trương di dời các phương tiện đóng mới, sửa chữa đang neo đậu tại khu vực nhà máy đến các vị trí neo đậu an toàn, phương án bảo đảm an toàn cho các phương tiện đang trên đà.
Song song đó, Cục trưởng Lê Đỗ Mười yêu cầu các cảng vụ hàng hải thực hiện trực 24/24h để cùng với các doanh nghiệp, chủ tàu chủ động triển khai kế hoạch, phương án ứng phó với cơn bão số 3, phòng chống thiên tai, tìm kiếm cứu nạn.
Cục Hàng hải Việt Nam cũng yêu cầu các cảng vụ hàng hải sẵn sàng triển khai phương án, kế hoạch phòng chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn đã xây dựng; thường xuyên theo dõi, cập nhật diễn biến của cơn bão số 3 trên biển Đông để hướng dẫn cho tàu thuyền tránh đi vào khu vực nguy hiểm; trong trường hợp tàu thuyền rời cảng, khuyến cáo cho tàu thuyền không đi vào vùng nguy hiểm của thiên tai, đặc biệt lưu ý đối với các tàu biển mang cấp hạn chế 3 và phương tiện thủy nội địa mang cấp VR-SB.
Trung tâm Phối hợp tìm kiếm, cứu nạn hàng hải Việt Nam chỉ đạo các Trung tâm Phối hợp tìm kiếm, cứu nạn hàng hải khu vực duy trì lực lượng và phương tiện để sẵn sàng tham gia phòng chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn khi có yêu cầu.
Trung tâm Thông tin an ninh hàng hải bố trí người trực 24/24h theo dõi diễn biến của bão trên biển Đông; tiếp tục nhận thông tin của các đơn vị gửi về và thường xuyên báo cáo Cục Hàng hải Việt Nam.
Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Thông tin Điện tử hàng hải Việt Nam chỉ đạo các Đài Thông tin duyên hải phát cảnh báo bão số 3 trên biển Đông cho các phương tiện hoạt động trên biển biết vị trí, hướng di chuyển và diễn biến của bão để chủ động tránh trú an toàn.