Theo đó, việc xử lý hình sự đối với tội khủng bố và tội tài trợ khủng bố phải tuân thủ quy định của Bộ luật Hình sự, Bộ luật Tố tụng hình sự, hướng dẫn của Nghị quyết này và các văn bản pháp luật khác có liên quan. Trường hợp các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên hoặc tham gia có quy định khác thì áp dụng theo điều ước quốc tế đó.
Một số thuật ngữ được sử dụng Điều 299 và Điều 300 của Bộ luật Hình sự 2015 đã được hướng dẫn trong Nghị quyết này.
Điều 299, Bộ luật Hình sự về tội khủng bố quy định: "Người nào nhằm gây ra tình trạng hoảng sợ trong công chúng mà xâm phạm tính mạng của người khác hoặc phá hủy tài sản của cơ quan, tổ chức, cá nhân, thì bị phạt tù từ 10 năm đến 20 năm, tù chung thân hoặc tử hình".
Theo đó, Nghị quyết 07 giải thích: "tình trạng hoảng sợ trong công chúng" quy định tại khoản 1 Điều 299 của Bộ luật Hình sự là trạng thái tâm lý lo lắng, sợ hãi, hoang mang của người dân về an toàn tính mạng, sức khỏe, tài sản, các quyền và lợi ích hợp pháp khác của họ, ví dụ hành vi gây nổ ở khu vực bến xe làm cho người dân lo lắng về sự an toàn tính mạng, sức khỏe, tài sản của họ khi tham gia giao thông.
Để gây ra tình trạng hoảng sợ trong công chúng, các hành vi khủng bố quy định tại Điều 299 của Bộ luật Hình sự có thể được thực hiện ở nơi công cộng, nơi tập trung đông người ví dụ quảng trường, trung tâm thương mại, nơi giao cắt đường giao thông, tại nhà ga, trên các phương tiện giao thông, tại nơi vui chơi, giải trí, du lịch, trường học, bệnh viện, khu dân cư, tại các tòa nhà.
Hành vi được thực hiện ở những địa điểm có tính biệt lập, không phải là nơi công cộng (ví dụ tại nhà riêng...) nhưng nhằm gây ra tình trạng hoảng sợ trong công chúng thì cũng bị truy cứu trách nhiệm hình sự về tội khủng bố theo Điều 299 của Bộ luật Hình sự nếu thỏa mãn các dấu hiệu khác cấu thành tội phạm này.
Nghị quyết 07 cũng giải thích về các hành vi xâm phạm tự do thân thể, sức khỏe hoặc chiếm giữ, làm hư hại tài sản của cơ quan, tổ chức, cá nhân. Theo đó, "làm hư hại tài sản của cơ quan tổ chức, cá nhân" quy định tại điểm c, khoản 3, Điều 299 của Bộ luật Hình sự là hành vi cố ý làm giảm giá trị sử dụng của tài sản hoặc làm hư hỏng tài sản nhưng có thể khôi phục lại được.
Đe dọa thực hiện một trong các hành vi này có thể được thực hiện bằng lời nói, gửi tin nhắn, hình ảnh, hoặc bằng các hành vi khác làm cho cơ quan, tổ chức cá nhân biết được và lo sợ về an toàn tính mạng, sức khỏe, tài sản, các quyền và lợi ích hợp pháp khác của họ.
Hành vi khác uy hiếp tinh thần là hành vi lôi kéo, kích động, cổ vũ, khuyến khích tạo điều kiện đe dọa xâm phạm tính mạng, sức khỏe, tự do thân thể, tài sản, danh dự nhân phẩm của người bị uy hiếp hoặc đe dọa xâm phạm tính mạng, sức khỏe, tự do thân thể, tài sản, danh dự, nhân phẩm của thân nhân người bị uy hiếp; hoặc các hành vi khác nhằm làm cho người bị uy hiếp lo sợ, cản trở khả năng nhận thức và điều khiển hành vi của họ một cách bình thường.
Nghị quyết 07 cũng giải thích về các hành vi tấn công xâm hại mạng máy tính, mạng viễn thông, phương tiện điện tử của cơ quan, tổ chức, cá nhân quy định tại điểm d, khoản 2, Điều 299 của Bộ luật Hình sự là hành vi sử dụng không gian mạng công nghiệp thông tin hoặc phương tiện điện tử để phá hoại, gây gián đoạn hoạt động bình thường, an toàn và bảo mật của mạng máy tính, mạng viễn thông, phương tiện điện tử.
Các hành vi tấn công xâm hại bao gồm: phát tán chương trình tin học gây hại cho mạng máy tính, mạng viễn thông, phương tiện điện tử làm tê liệt, gián đoạn, ngưng trệ hoạt động của các mạng, phương tiện này, làm tổn hại, chiếm đoạt dữ liệu được lưu trữ truyền đưa qua mạng máy tính, mạng viễn thông, phương tiện điện tử; khai thác điểm yếu, lỗ hổng bảo mật và dịch vụ của hệ thống mạng máy tính, mạng viễn thông, phương tiện điện tử.
Về tội tài trợ khủng bố, Nghị quyết 07 giải thích: "Huy động tiền, tài sản dưới bất kỳ hình thức nào cho tổ chức, cá nhân khủng bố", theo quy định tại khoản 1, Điều 300 của Bộ luật Hình sự là hành vi vận động, kêu gọi cá nhân, tổ chức cung cấp, tặng, cho vay tiền, cho mượn tài sản hoặc dưới hình thức khác cho tổ chức, cá nhân khủng bố.
"Chiếm giữ tài sản của cơ quan, tổ chức, cá nhân" quy định tại điểm c, khoản 2, Điều 299 của Bộ luật Hình sự là hành vi chiếm đoạt, nắm giữ, chi phối trái phép quyền quản lý, sở hữu, sử dụng, định đoạt tài sản của cơ quan, tổ chức, cá nhân.
Truy cứu trách nhiệm hình sự trong một số trường hợp cụ thể
Trường hợp người thực hiện một hành vi phạm tội và có dấu hiệu của tội khủng bố vừa có dấu hiệu của tội phạm khác nhẹ hơn thì bị truy cứu trách nhiệm hình sự về tội khủng bố.
Trường hợp người thực hiện nhiều hành vi phạm tội, trong đó có hành vi có dấu hiệu tội khủng bố, có hành vi có dấu hiệu tội phạm khác thì bị truy cứu trách nhiệm hình sự về tội khủng bố và tội phạm khác nếu thỏa mãn các dấu hiệu của cấu thành tội phạm.
Trường hợp người thực hiện hành vi phạm tội xâm phạm tính mạng của người khác hoặc của quan tổ chức, cá nhân nhưng không nhằm gây ra tình trạng hoảng sợ trong công chúng thì không bị truy cứu trách nhiệm hình sự về tội khủng bố, mà tùy từng trường hợp có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự về tội phạm tương ứng.