Ông Việt bị kỷ luật do trong thời gian đương chức đã để xảy ra vụ việc kế toán và thủ quỹ chiếm dụng số tiền khoảng 3 tỷ đồng tiền học phí của sinh viên.
Vào năm 2011, UBND tỉnh Cà Mau phối hợp với Trường Đại học Y dược Cần Thơ tổ chức đào tạo theo địa chỉ cho 252 sinh viên, nhằm giải quyết khó khăn về nhân sự y tế của tỉnh. Theo đó, UBND tỉnh Cà Mau ủy quyền cho Sở Y tế ký hợp đồng với Trường Đại học Y dược Cần Thơ, giao cho Sở này thu tiền học phí của sinh viên để nộp cho nhà trường.
Giám đốc Sở Y tế Cà Mau lúc đó là ông Huỳnh Quốc Việt đã giao thủ quỹ và kế toán của Sở thu hộ tiền học phí hàng năm của sinh viên, nộp về Trường Đại học Y dược Cần Thơ theo quy định. Tuy nhiên, qua đối chiếu với nhà trường, Sở Y tế Cà Mau phát hiện một khoản nợ khá lớn liên quan đến tiền nộp học phí của sinh viên. Do vậy, ông Huỳnh Quốc Việt khi còn làm Giám đốc Sở đã chỉ đạo Thanh tra Sở Y tế thành lập Tổ kiểm tra để nhanh chóng làm rõ vụ việc.
Khi phát hiện kế toán và thủ quỹ của đơn vị có dấu hiệu chiếm dụng tiền học phí sinh viên, ông Huỳnh Quốc Việt đã báo cáo vụ việc lên Chủ tịch UBND tỉnh, chuyển vụ việc đến cơ quan chức năng tiếp tục điều tra làm rõ.
Sở Y tế Cà Mau đang chờ kết quả điều tra chính thức của cơ quan chức năng để tiến hành kiểm điểm, xử lý viên chức sai phạm theo đúng quy định của pháp luật. Kế toán và thủ quỹ của đơn vị này không bỏ trốn như thông tin dư luận đã nêu.
Sau khi Tỉnh ủy thành lập đoàn kiểm tra, kiểm điểm sai phạm, với vai trò là người đứng đầu cơ quan Sở Y tế Cà Mau để xảy ra vụ việc kế toán và thủ quỹ của đơn vị chiếm dụng tiền học phí sinh viên, nên ông Huỳnh Quốc Việt đã bị kiểm điểm, kỷ luật bằng thức cảnh cáo về mặt Đảng.
Hiện nay, ông Huỳnh Quốc Việt đang là cán bộ thuộc diện Tỉnh ủy Cà Mau quản lý. Mặc dù, còn đến 4 năm nữa mới đến tuổi hưu, nhưng khi hết thời hạn bổ nhiệm, ông Huỳnh Quốc Việt không được tiếp tục bổ nhiệm chức vụ Giám đốc Sở Y tế Cà Mau.