Vòng Chung kết có sự góp mặt của 16 đội bóng xuất sắc đã vượt qua vòng loại, gồm: Bắc Giang, Thể Công Viettel, PVF-CAND, Câu lạc bộ Hà Nội, Haduwaco Hải Dương, Sông Lam Nghệ An, Quảng Nam, LPBank Hoàng Anh Gia Lai, Bình Định, SHB Đà Nẵng, Đắk Lắk, Cần Thơ, Tây Ninh, Navy Phú Nhuận - Thành phố Hồ Chí Minh, Gia Định và Khánh Hòa. Đây là những đại diện đã vượt qua vòng loại được tổ chức từ ngày 5 - 22/6 tại ba khu vực: khu vực phía Bắc tại tỉnh Bắc Giang; khu vực miền Trung tại tỉnh Quảng Nam và khu vực phía Nam tại tỉnh Bình Dương.
Tại vòng Chung kết, 16 đội chia thành bốn nhóm nhỏ, mỗi nhóm 4 đội, thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng tại mỗi nhóm. Kết quả chọn 4 đội xếp thứ Nhất, 4 đội xếp thứ Nhì ở các nhóm vào thi đấu Tứ kết, Bán kết, Chung kết.
Tổng Biên tập Báo Thiếu niên Tiền phong và Nhi đồng, Trưởng ban Tổ chức Giải Nguyễn Phan Khuê cho biết, giải đấu được tổ chức thường niên, thuộc hệ thống thi đấu quốc gia, nhằm tạo sân chơi lành mạnh, bổ ích, giúp các cầu thủ trẻ có cơ hội giao lưu, học hỏi, rèn luyện, trau dồi kỹ năng, nuôi dưỡng và chắp cánh ước mơ trở thành cầu thủ bóng đá chuyên nghiệp. Qua 27 lần tổ chức, giải đấu ngày càng được hoàn thiện về công tác tổ chức cũng như tính chuyên môn. Từ sân chơi này, nhiều tài năng trẻ được phát hiện và có những cống hiến đáng kể cho sự phát triển của nền Bóng đá Việt Nam trong những năm qua, tiêu biểu như: Nguyễn Quang Hải, Đỗ Duy Mạnh, Đoàn Văn Hậu, Văn Toàn, Văn Thanh, Đức Huy, Lương Xuân Trường, Nhâm Mạnh Dũng…
Sau lễ khai mạc đã diễn ra trận đấu giữa đội chủ nhà U13 Đắk Lắk gặp U13 Khánh Hòa. Mặc dù gặp điều kiện bất lợi về thời tiết, mưa kéo dài trong nhiều giờ, song các cầu thủ nhí của hai đội đã thi đấu đầy nỗ lực, cống hiến cho khán giả trận bóng hay, đẹp mắt, hồi hộp.
Trong khuôn khổ vòng Chung kết, Ban Tổ chức Giải phối hợp cùng Câu lạc bộ Júbilo Iwata (Nhật Bản) tổ chức Hội thảo giao lưu chia sẻ kinh nghiệm công tác đào tạo, huấn luyện bóng đá U13 Yamaha Cup và Júbilo Iwata; Chương trình U13 Yamaha Cup học đá bóng cùng huấn luyện viên Júbilo Iwata. Hai hoạt động này góp phần làm cho Giải đấu chuyên nghiệp, chất lượng hơn, khuyến khích và phát triển các tài năng bóng đá tiêu biểu.
Dự kiến, Lễ bế mạc và trao giải của Giải diễn ra ngày 13/7 tại sân vận động Buôn Ma Thuột.