Huyện Thanh Oai cần tuyên truyền, giải thích, vận động nhà chùa, nhân dân và những người công đức di dời các pho tượng, vật kiến trúc không có tại thời điểm xếp hạng di tích (năm 1991) và không phù hợp với tôn giáo, tín ngưỡng truyền thống vùng đồng bằng Bắc Bộ ra ngoài khuôn viên di tích.
Tuy nhiên, đến thời điểm hiện tại, nhà chùa mới khắc phục rất ít, các sai phạm hầu như vẫn tồn tại.
Vi phạm trong việc tự ý tu bổ, tôn tạo chùa Khúc Thủy bắt đầu từ năm 2017, đến nay vẫn tiếp diễn. Phía sau chùa chính xuất hiện 3 khối nhà, trong đó 2 khối nhà đã xây xong tầng 1 và 1 khối nhà ở giữa đã hoàn thiện. Tại khối nhà giữa đặt một pho tượng Phật bằng đá lớn trên trần, một pho tượng Phật nằm và khối đá trang trí phía trước. Tại lối đi hai bên chùa chính đặt rất nhiều tượng Phật ngồi trên bệ sen, đặt trên bệ gạch xây, sơn màu vàng chói, phía trước bệ gắn tên người công đức nhân dịp kỷ niệm 1000 năm Thăng Long – Hà Nội.
Khu đất phía bên phải chùa có nhiều tháp đá nhỏ đặt trên bể gạch rỗng. Hàng rào cây trước đó được thay bằng tường bao kín mít, mặt trong tường bao được treo rèm vải. Trong chùa còn có các pho tượng Phật kích thước lớn, được sơn thếp với màu sắc giả cổ.
Phía trên nhà tiền đường và thượng điện treo các mảng rèm trang trí có màu sắc sặc sỡ. Đáng nói, quy mô công trình xây mới lớn gấp nhiều lần so với trước đây và sai phạm này diễn ra trong nhiều năm qua nhưng chính quyền địa phương và cơ quan chức năng không xử lý kịp thời.