Là bệnh viện tuyến cuối nên thời gian gần đây Bệnh viện Chợ Rẫy liên tục rơi vào tình trạng quá tải, đặc biệt là khoa Cấp cứu. Chính vì vậy, Bệnh viện Chợ Rẫy đề nghị Sở Y tế TP Hồ Chí Minh chỉ đạo các bệnh viện trực thuộc Sở không chuyển bệnh nhân nếu bệnh trong phạm vi chuyên môn của mình.
Mất niềm tin vào chất lượng khám chữa bệnh của y tế cơ sở là nguyên nhân chính khiến nhiều người bệnh muốn vượt lên tuyến điều trị cao hơn.