Năm trong số mười tuyến đường biển thông thương lớn nhất trên thế giới liên quan đến Biển Đông gồm: tuyến Tây Âu, Bắc Mỹ qua Địa Trung Hải, kênh đào Suez, Trung Đông đến Ấn Độ, Đông Á, Australia, New Zealand; tuyến Đông Á đi qua kênh đào Panama đến bờ Đông Bắc Mỹ và Caribe; tuyến Đông Á đi Australia và Niu Di Lân, Nam Thái Bình Dương; tuyến Tây Bắc Mỹ đến Đông Á và Đông Nam Á. Đây được coi là tuyến đường vận tải quốc tế nhộn nhịp thứ hai của thế giới. Trong khu vực Đông Nam Á có khoảng 536 cảng biển, trong đó có hai cảng vào loại lớn và hiện đại nhất thế giới là cảng Singapore và Hong Kong. Thương mại và công nghiệp hàng hải ngày càng gia tăng ở khu vực.
Nhiều nước ở khu vực Đông Nam Á có nền kinh tế phụ thuộc sống còn vào con đường biển này như Nhật Bản, Hàn Quốc, Đài Loan, Singapore và cả Trung Quốc. Đây là mạch đường thiết yếu vận chuyển dầu và các nguồn tài nguyên thương mại từ Trung cận Đông và Đông Nam Á tới Nhật Bản, Hàn Quốc và Trung Quốc. Hơn 90% lượng vận tải thương mại của thế giới thực hiện bằng đường biển và 45% trong số đó phải đi qua vùng Biển Đông.
Lượng dầu lửa và khí hóa lỏng được vận chuyển qua vùng biển này lớn gấp 15 lần lượng chuyên chở qua kênh đào Panama. Khu vực Biển Đông có những eo biển quan trọng đối với nhiều nước, với 4 trong 16 con đường chiến lược của thế giới nằm trong khu vực Đông Nam Á (Malacca, Lombok, Sunda, Ombai - Wetar). Đặc biệt eo biển Malacca là eo biển nhộn nhịp thứ hai trên thế giới (sau eo biển Hormuz).