Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Ban Chỉ đạo trên do Phó Thủ tướng Chính phủ Trần Hồng Hà làm Trưởng Ban. Bộ trưởng 3 Bộ: Giao thông vận tải, Kế hoạch và Đầu tư; Tài chính làm Phó Trưởng Ban.
Các Ủy viên là: Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường, các Bộ trưởng các bộ, ngành có liên quan, Chủ tịch Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp; đại diện lãnh đạo Ban Kinh tế Trung ương, Ủy ban Kinh tế Quốc hội, Ủy ban Tài chính – Ngân sách Quốc hội.
Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo không quá 15 người, bao gồm các cán bộ, chuyên gia, nhà khoa học đầu ngành trong lĩnh vực giao thông vận tải đường sắt.