Chương trình Thương hiệu Quốc gia được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 253/2003/QĐ-TTg ngày 25 tháng 11 năm 2003, giao Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương) là cơ quan thường trực, chịu trách nhiệm phối hợp với các bộ, ngành triển khai.