Ngoài việc tạo điều kiện thuận lợi cho người dân phát triển ngành thủy sản dựa trên những lợi thế sẵn có, tỉnh Khánh Hòa còn hướng đến bảo tồn các nguồn tài nguyên thiên nhiên biển một cách bền vững tại các khu kinh tế trọng điểm như: vịnh Vân Phong, Nha Trang và Cam Ranh.