Với vai trò đầu tàu kinh tế của cả nước, Đông Nam Bộ và TP. Hồ Chí Minh cũng là khu vực chịu áp lực lớn từ phát thải giao thông do có mật độ phương tiện vận tải hàng hóa, vận tải liên tỉnh và vận tải đường thủy cao nhất cả nước.