Mặc dù đã đạt được những kết quả nhất định, song công tác quản lý nước thải còn gặp nhiều khó khăn, thách thức. Nhất là việc phân công trách nhiệm về quản lý nước thải được giao theo lĩnh vực quản lý của các bộ, ngành và địa phương.