Vườn quốc gia Côn Đảo được đánh giá là một trong những hòn đảo còn giữ được môi trường tự nhiên nguyên sơ nhất Việt Nam với sự đa dạng sinh học biển được chú trọng bảo tồn và phát triển bền vững. Tuy nhiên, tình trạng ô nhiễm môi trường cũng như các vi phạm về môi trường và buôn bán động vật quý hiếm tại Côn Đảo đang gia tăng.