Do mưa ngập tại thành phố Huế, Đà Nẵng, Tổng công ty Đường sắt thông báo sẽ tạm ngừng tàu di sản HĐ1/HĐ2; HĐ3/HĐ4 trong ngày 28 và 29/10/2025.
Ngày 1/10, Công ty cổ phần Vận tải đường sắt thông báo đang tạm ngừng chạy tàu 4 chuyến tàu khách liên vận quốc tế (MR1/MR2 Gia Lâm - Nam Ninh, Trung Quốc) và 21 chuyến tàu khách.
Do ảnh hưởng của bão số 5 (Bão Kajiki), Công ty cổ phần Vận tải đường sắt ngừng chạy tàu NA1 từ Hà Nội đi Vinh (Nghệ An), NA2 từ Vinh (Nghệ An) đi Hà Nội và tàu Thống nhất SE9 xuất phát ngày 25/8/2025.
Để tiếp tục ứng phó ảnh hưởng sau bão số 3 (bão Yagi), ngành đường sắt thông báo ngừng chạy tàu 2 mác tàu SE11, SE12 xuất phát tại ga Hà Nội và ga Sài Gòn từ ngày 9 - 12/9/2024.
Do ảnh hưởng của dịch COVID-19, Công ty Cổ phần Vận tải đường sắt Hà Nội (Tổng công ty Đường sắt Việt Nam-Bộ GTVT) tạm ngừng chạy đôi tàu SP3/SP4 từ Hà Nội-Lào Cai và ngược lại.