Với sự hỗ trợ của chính phủ các nước Indonesia, Philippines, Anh và Canada, các nhà nghiên cứu thuộc nhiều trường đại học của Indonesia đã tiến hành Dự án Climate REEFS nhằm nỗ lực bảo tồn hệ sinh thái san hô đa dạng tại khu vực Tam giác san hô.
Thời gian gần đây, ngoài tác động của thiên tai mưa bão, sóng biển, nhiều người dân, du khách đã ngang nhiên giẫm đạp làm vỡ, chết nhiều loại san hô khiến hệ sinh thái san hô ở Hòn Yến đang bị hư hại, suy giảm nghiêm trọng.