Ngày 22/6, Hội đồng Bảo an Liên hợp quốc (HĐBA LHQ) đã họp trực tuyến thảo luận về tình hình Afghanistan dưới sự chủ trì của bà Eva-Maria Liimets, Bộ trưởng Ngoại giao Estonia - nước giữ cương vị Chủ tịch HĐBA tháng 6/2021.
Chiều 29/4, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh đã điện đàm với Bộ trưởng Ngoại giao Estonia Urmas Reinsalu để trao đổi về hợp tác phòng, chống dịch bệnh COVID-19 cũng như phối hợp tại Hội đồng Bảo an Liên hợp quốc mà hiện cả hai nước đều là Ủy viên không thường trực nhiệm kỳ 2020-2021.
Nhận lời mời của Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh, Bộ trưởng Ngoại giao Estonia Sven Mikser đã thăm chính thức Việt Nam từ ngày 13 - 14/9/2018.
Sáng 14/9, tiếp Bộ trưởng Ngoại giao Estonia Sven Mikser tại Trụ sở Chính phủ, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc cho biết kinh nghiệm của Estonia về chính phủ điện tử là bài học tốt cho Việt Nam và hoan nghênh các chuyên gia Estonia sang hỗ trợ Việt Nam trong quá trình xây dựng chính phủ điện tử.
Nhân dịp kỷ niệm 25 năm thiết lập quan hệ ngoại giao Việt Nam - Estonia (1992-2017), ngày 20/02/2017, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh đã gửi điện mừng đến Bộ trưởng Ngoại giao Estonia Sven Mikser.