Tuy nhiên đề xuất này không được đáp ứng. Chính quyền Jakarta đã tổ chức một cuộc họp báo, công kích hành động của Trung Quốc. Một quan chức Indonesia giấu tên cho biết, Jakarta không mong muốn điều này (họp báo), nhưng bắt buộc phải làm vậy trước cách hành xử đặc biệt gây hấn của Trung Quốc.

Giới phân tích nhận định, đây là phản ứng khác biệt của Indonesia, cho thấy thái độ quyết liệt hơn của Jakarta trước yêu sách chủ quyền của Bắc Kinh. “Trong quá khứ, mỗi khi xảy ra các sự cố kiểu như vậy, Indonesia thường tránh làm căng, hoặc là chọn cách xử lý kín vì lợi ích từ mối quan hệ hài hòa với Trung Quốc. Thế nhưng khi Bắc Kinh bắt đầu tìm cách thực thi yêu sách quyền chủ quyền nằm trong vùng lãnh hải của Indonesia, Jakarta không còn sự lựa chọn nào khác ngoài việc công khai hành động của Trung Quốc, phê phán cách hành xử chèn ép của Bắc Kinh”, Ian Storey, Chuyên gia cấp cao tại Viện Nghiên cứu Đông Nam Á có trụ sở ở Singapore nhìn nhận. 

Trung Quốc hiện là đối tác thương mại lớn thứ hai của Indonesia và chính quyền Tổng thống Joko Widodo đang trông đợi nhiều vào nguồn tài chính của Bắc Kinh cho nhu cầu phát triển hạ tầng. Ngược lại, Trung Quốc hiện là nước đầu tư lớn ở Indonesia, với mục tiêu đứng số một về đầu tư trong vòng 5 năm tới. 

Trước đó, Indonesia đã bắt một tàu cá cùng 8 người Trung Quốc hôm 19/3 do tàu này đi vào vùng đặc quyền kinh tế của Indonesia.  Khi lực lượng lai dắt tàu cá gần tới gần quần đảo Natuna, ít nhất một tàu hải cảnh Trung Quốc lao tới cản phá, tìm cách giải vây cho tàu cá. Chính quyền Jakarta ngay sau đó đã trao công hàm phản đối tới Đại biện lâm thời Trung Quốc ở Indonesia, ông Sun Weide, xem đây là hành vi vi phạm lãnh hải của Indonesia.