Ba phương thức xét tuyển chính gồm: Xét tuyển thẳng, xét kết quả thi tốt nghiệp THPT và xét kết hợp điểm thi với chứng chỉ tiếng Anh hoặc tiếng Pháp quốc tế. Ở phương thức xét dựa trên kết quả kỳ thi tốt nghiệp THPT (đối với tất cả các ngành đào tạo) trường dành 75% tổng chỉ tiêu, thí sinh chỉ sử dụng tổ hợp 3 bài thi, môn thi: Toán, Hóa học, Sinh học để xét tuyển.
Với phương thức xét tuyển kết hợp chứng chỉ tiếng Anh hoặc tiếng Pháp quốc tế, trường yêu cầu thí sinh có chứng chỉ giá trị sử dụng đến 14/7.
Các chứng chỉ được Trường Đại học Y Hà Nội công nhận gồm IELTS 6.5, TOEFL iBT 79-93 hoặc TOEFL ITP 561 - 589 đối với tiếng Anh; DELF B2 đối với tiếng Pháp. Năm ngoái, Trường chỉ áp dụng phương thức xét này với ngành Y khoa đào tạo tại Hà Nội. Năm nay mở rộng thêm khi xét vào ngành Y khoa đào tạo tại Thanh Hoá.
Trường quy định cụ thể điểm trúng tuyển theo phương thức xét kết hợp điểm tốt nghiệp THPT và chứng chỉ ngoại ngữ quốc tế sẽ thấp hơn tối đa 3 điểm so với xét thuần bằng điểm thi.
Về xét tuyển thẳng (khoảng 25% chỉ tiêu mỗi ngành), Trường Đại học Y Hà Nội chỉ dựa vào kết quả các kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia, Olympic quốc tế và khoa học kỹ thuật cấp quốc gia, quốc tế.