Trước đó, ngày 24/8/2021 hai bị can Lợi và Duy bị khởi tố và áp dụng biện pháp ngăn chặn cấm đi khỏi nơi cư trú về hành vi “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", quy định tại khoản 3, Điều 219, Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo kết luận điều tra, tháng 5/2016, Hội đồng nhân dân tỉnh Phú Yên ký Quyết định số 15/QĐ-HĐND về việc phê duyệt chủ trương đầu tư Dự án hạ tầng kỹ thuật khu đô thị mới Nam thành phố Tuy Hòa (giai đoạn 1) với diện tích 54,79 ha, tổng mức đầu tư 318,9 tỉ đồng từ nguồn vốn tiền sử dụng đất và vốn huy động. Dự án đang triển khai, chưa hoàn thành, chưa đủ điều kiện bán đấu giá quyền sử dụng đất nhưng tỉnh Phú Yên đã thành lập Hội đồng đấu giá quyền sử dụng đất khu dân cư phía Bắc của dự án do ông Nguyễn Chí Hiến, Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban nhân dân tỉnh làm Chủ tịch Hội đồng.
Đến tháng 10/2016, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên phê duyệt giá đất khởi điểm để đấu giá 468 lô đất thuộc Dự án hạ tầng kỹ thuật khu đô thị mới Nam thành phố Tuy Hòa, với tổng diện tích hơn 159.500 m2, tổng giá trị khu đất này hơn 784 tỉ đồng. Riêng khu 262 lô nhà ở liền kề có giá khởi điểm 160 tỉ đồng.
Sau khi phê duyệt giá khởi điểm, tháng 11/2016, ông Hiến ký văn bản gửi thường trực Tỉnh ủy, Thường trực Hội đồng nhân dân tỉnh Phú Yên, xin ý kiến thực hiện chính sách ưu đãi giảm 5% giá trị khu đất đối với nhà đầu tư trúng đấu giá quyền sử dụng đất Dự án hạ tầng kỹ thuật khu đô thị mới Nam thành phố Tuy Hòa.
Tháng 3/2017, ông Hiến chủ trì cuộc họp, kết luận chia thành bốn khu đất để bán đấu giá và chỉ đạo bỏ nội dung năng lực tài chính của người tham gia đấu giá. Đồng thời, ông Hiến cũng chỉ đạo đưa 262 lô đất nhà ở liền kề ra bán đấu giá và nội dung hỗ trợ 5% trên tổng giá trị khu đất theo giá khởi điểm cho người trúng đấu giá vào phương án đấu giá của tỉnh.
Trong phiên đấu giá đất tháng 5/2017, bà Ngô Thị Điều đã mua toàn bộ 262 lô đất nói trên với giá 162,5 tỉ đồng. Tuy nhiên, do được giảm 5% số tiền trúng đấu giá (hơn 8 tỉ đồng), nên trên thực tế bà Điều chỉ phải đóng hơn 154 tỉ đồng, thấp hơn giá khởi điểm hơn 6 tỉ đồng.
Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an tỉnh Phú Yên kết luận: Đây là vụ án Vi phạm quy định quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí đặc biệt nghiêm trọng. Bị can Nguyễn Chí Hiến, nguyên Phó Chủ tịch Thường trực, Chủ tịch Hội đồng đấu giá trực tiếp chỉ đạo; Nguyễn Thị Nở, nguyên Phó Giám đốc phụ trách Sở Tài chính; Mai Hắc Lợi, nguyên Phó Giám đốc Sở Tư pháp; Ngô Quang Phú, Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường; Nguyễn Ngọc Duy, nguyên Phó Cục trưởng Cục thuế đã thống nhất cùng Nguyễn Chí Hiến điều chỉnh, bổ sung phương án đấu giá trọn gói, chia thành bốn khu để đấu giá từng khu, bỏ điều kiện hồ sơ năng lực tài chính cho cá nhân tham gia đấu giá, bổ sung chính sách hỗ trợ 5% trên tổng giá trị mỗi khu đất để đấu giá, ký quyết định công nhận kết quả đấu giá cho phép người trúng đấu giá nộp tiền vào ngân sách nhà nước thấp hơn số tiền trúng đấu giá và thấp hơn giá khởi điểm là trái pháp luật, gây thiệt hại tài sản nhà nước hơn 8 tỉ đồng.
Ngày 4/6/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an tỉnh Phú Yên đã ra quyết định khởi tố, bắt tạm giam về tội danh nêu trên đối với nguyên Phó Chủ tịch thường trực Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên Nguyễn Chí Hiến và nguyên Phó Giám đốc, phụ trách Sở Tài chính tỉnh Phú Yên Nguyễn Thị Nở. Mở rộng điều tra, đến ngày 24/8/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an tỉnh Phú Yên đã tống đạt quyết định khởi tố bị can Mai Hắc Lợi, Nguyễn Ngọc Duy và Ngô Quang Phú. Ba bị can này được áp dụng biện pháp ngăn chặn bằng lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú. Tuy nhiên, sau khi Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an tỉnh Phú Yên có kết luận điều tra, đề nghị truy tố 5 bị can trong vụ án này, ngày 13/5, Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Yên đã ra lệnh bắt tạm giam đối với hai bị can Mai Hắc Lợi, Nguyễn Ngọc Duy.
Trước đó, giữa tháng 1/2022, hai bị can Nguyễn Chí Hiến và Nguyễn Thị Nở đã được thay đổi biện pháp ngăn chặn từ lệnh tạm giam sang tại ngoại theo bảo lãnh của gia đình.