Theo dữ liệu của FlightRadar24, trang chuyên theo dấu hành trình các chuyến bay, trong chuyến bay tối 28/10, máy bay trên đã gặp "một vấn đề kỹ thuật". Cụ thể, sau khi cất cánh từ thành phố Denpasar, trên đảo nghỉ dưỡng nổi tiếng Bali của Indonesia, máy bay đã báo cáo các biến đổi bất thường về độ cao và vận tốc bay trong vài phút đầu, trong đó có một lần giảm độ cao 266,7m khoảng 27 giây sau khi cất cánh bình thường, sau đó đã ổn định độ cao và bay tới Jakarta an toàn. Tuy nhiên, các phi công chỉ duy trì máy bay ở độ cao tối đa là 8.500m trong suốt hành trình, thay vì 11.000m như trong chuyến bay cùng lộ trình trước đó.
Dữ liệu của FlightRadar24 cũng cho thấy có nhiều bất thường về độ cao và vận tốc của chính máy bay này trong chuyến bay sáng hôm sau mang số hiệu JT610 sau khi cất cánh từ Jakarta.
Giám đốc điều hành Lion Air, Edward Sirait cũng đã xác nhận về một lỗi kỹ thuật xảy ra trong hành trình bay từ Denpasar-Jakarta nói trên, song cho biết vấn đề đã được giải quyết "theo đúng quy định". Trong khi đó, hai hành khách từng đi trên chuyến bay tối 28/10 viết trên Instagram bày tỏ rất lo ngại về các vấn đề liên quan đến hệ thống điều hòa không khí và làm sáng cabin, cũng như nghe thấy tiếng ồn động cơ "kỳ lạ" trong suốt chuyến bay. Dòng trạng thái trên được đăng tải chỉ gần 3 giờ trước khi chính chiếc máy bay này rơi xuống biển trong hành trình đi từ Jakarta tới Pangkal Pinang. Hiện chưa rõ liệu các vấn đề trong cabin có liên quan đến lỗi kỹ thuật mà ông Sirait đề cập hay không.
Chuyến bay Denpasar-Jakarta hạ cánh lúc 22h55 ngày 28/10, và các kỹ sư có 6 giờ rưỡi để sửa lỗi trước khi máy bay bắt đầu hành trình từ Jakarta-Pangkal Pinang lúc 6h20 sáng 29/10. Vài phút sau khi cất cánh, máy bay đã rơi xuống biển cùng toàn bộ 189 người, được cho là đã thiệt mạng.
Theo các phi công và kỹ thuật viên, các dữ liệu của FlightRadar24 về hai chuyến bay trên có thể là một chỉ dẫn về một lỗi nào đó trong các hệ thống đo áp suất tĩnh.
