3 nhân viên gồm kỹ sư cấp cao Arun Kumar Mahanta, kỹ sư Md Amir Khan và kỹ thuật viên Papu Kumar, bị bắt theo Mục 304 Bộ luật hình sự Ấn Độ (IPC) vì tội ngộ sát không cấu thành tội giết người. Trong đó, Arun Kumar Mahanta là thành viên hội đồng điều tra vụ tai nạn, đồng thời là người đã viết báo cáo thanh tra sơ bộ đầu tiên và sau đó là tuyên bố phản đối báo cáo thanh tra này.
CBI cũng cáo buộc 3 nhân viên trên theo Mục 201 trong IPC vì đã làm mất bằng chứng phạm tội. CBI đã chính thức tiếp nhận cuộc điều tra về vụ tai nạn tàu hỏa ở Balasore từ ngày 6/6.
Vụ bắt giữ diễn ra vài tuần sau khi Bộ trưởng Đường sắt Ấn Độ Ashwini Vaishnaw cho biết "nguyên nhân gốc rễ" của vụ tai nạn và cho rằng những kẻ đứng sau hành động "phạm tội" đã được xác định.
Về thông tin vụ tai nạn, ông K.S. Anand, Giám đốc truyền thông Cơ quan Đường sắt Đông Nam Ấn Độ, cho hay "đoàn tàu tốc hành Coromandel (tuyến Shalimar - Chennai) tối 2/6 đáng ra phải đi vào đường ray chính. Tuy nhiên, đèn tín hiệu đã được bật để hướng dẫn đoàn tàu đi vào đường nhánh, khiến nó tông thẳng vào tàu chở hàng đang đỗ ở đó".
Sau va chạm với tàu hàng, nhiều toa của đoàn tàu Coromandel bị lật ngang chắn hai đường ray cạnh bên, làm trật bánh tàu tốc hành Howrah (tuyến Bengaluru - Howrah) khi nó lao đến với vận tốc 116 km/h. Đây được coi là một trong những tai nạn đường sắt nghiêm trọng nhất lịch sử Ấn Độ.