Hai bị can trong vụ án này gồm: Phạm Thanh Tùng (sinh năm 1990, trú tại Vạn Phúc, Hà Đông, Hà Nội) bị khởi tố về tội “Hiếp dâm người dưới 16 tuổi” theo quy định tại Điều 142, khoản 2 – Bộ luật Hình sự năm 2015 và Hoàng Thị Thu Huyền (sinh năm 1987, trú tại Hà Cầu, Hà Đông, Hà Nội) bị khởi tố về tội “Hành hạ con” theo quy định tại Điều 185, khoản 2 – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Cùng với việc phê chuẩn quyết định khởi tố bị can, Viện Kiểm sát nhân dân quận Hà Đông còn phê chuẩn lệnh bắt bị can Phạm Thanh Tùng để tạm giam trong thời gian 4 tháng, kể từ ngày bị bắt (20/2/2021). Bị can Hoàng Thị Thu Huyền được tại ngoại do đang nuôi con nhỏ. Ngoài ra, bị can Huyền còn đang bị truy tố trong một vụ án khác về hành vi “mua bán trái phép chất ma túy”. Hiện hồ sơ vụ án đã được chuyển sang Tòa án nhân dân quận Hà Đông và đang chờ đưa ra xét xử.
Qua xác minh ban đầu, cháu Nguyễn H.B. (sinh năm 2009) ở cùng mẹ đẻ là Hoàng Thị Thu Huyền (là bị can trong vụ án). Huyền có quan hệ tình cảm với Phạm Thanh Tùng. Tùng thường xuyên đến nhà Huyền chơi, ăn cơm và ngủ lại.
Từ tháng 5/2020 đến tháng 1/2021, lợi dụng lúc Huyền không có nhà, Tùng đã nhiều lần ép cháu B. quan hệ tình dục. Khi cháu B. không đồng ý, Tùng đe dọa sẽ đánh nên cháu B. sợ và phải làm theo lời của Tùng.
Ngoài ra, Cơ quan điều tra còn xác định cháu B. thường xuyên bị mẹ đẻ là Hoàng Thị Thu Huyền sử dụng ống nước, dây điện, gậy tre đánh vào chân, tay, lưng khi cháu không vâng lời. Chỉ đến khi thấy cháu B. bị xây xát, thâm tím nhiều nơi trên cơ thể, bác của cháu B. đưa cháu B. về nhà ở cùng thì sự việc trên mới dừng lại.