Về vai trò của các bị cáo trong vụ án, cơ quan tố tụng xác định, với cương vị là người đứng đầu Bộ Y tế, bà Nguyễn Thị Kim Tiến có trách nhiệm lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành hoạt động chung của ngành y tế; trực tiếp chỉ đạo nhiều lĩnh vực, trong đó có công tác kế hoạch - tài chính, đầu tư phát triển ngành, xây dựng cơ sở hạ tầng và trang thiết bị y tế.
Đối với dự án Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 và Bệnh viện Việt Đức cơ sở 2, Bộ Y tế có chức năng chỉ đạo, tổ chức thẩm định, phê duyệt và triển khai thực hiện dự án; đồng thời kiểm tra, giám sát, đánh giá kết quả thực hiện.
Viện Kiểm sát đánh giá, quá trình điều tra và tại phiên tòa sơ thẩm, phúc thẩm, các bị cáo đều thành khẩn khai báo. Các bị cáo lần đầu phạm tội, quá trình công tác được tặng thưởng nhiều huân, huy chương.
Tại phiên tòa phúc thẩm, các bị cáo cung cấp thêm nhiều tình tiết giảm nhẹ mới. Trong đó, cựu Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến cung cấp thêm một số đơn xin giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo từ một số cá nhân, tổ chức. Bị cáo Kim Tiến đã nộp khắc phục xong toàn bộ số tiền 108 tỷ đồng mà tòa sơ thẩm đã quy kết.
Từ những nhận định trên, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Tòa phúc thẩm chấp nhận một phần kháng cáo của các bị cáo, sửa bản án sơ thẩm, giảm án cho bị cáo Kim Tiến từ 6 tháng đến 1 năm tù. Theo đó mức án đề nghị ở phiên phúc thẩm với bị cáo Kim Tiến là 5 năm đến 5 năm 6 tháng tù.
Xét kháng cáo xin hưởng án treo của bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến, Viện Kiểm sát đánh giá không đủ điều kiện để chấp nhận kháng cáo này.
Bên cạnh đó, đại diện Viện Kiểm sát cũng đề nghị giảm án cho các bị cáo khác: Trần Văn Sinh (cựu Trưởng Phòng kỹ thuật dự toán, Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm, Bộ Y tế ): giảm 2 năm - 2 năm 6 tháng tù; Lê Thanh Thiêm (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sao Nam Sông Hồng) giảm 3 năm - 3 năm 6 tháng tù; Đào Xuân Sinh (Giám đốc Công ty cổ phần Tư vấn đầu tư và xây dựng SHT) giảm 3 - 6 tháng tù.
Đại diện Viện Kiểm sát cũng đề nghị Tòa phúc thẩm chấp nhận kháng cáo xin hưởng án treo của bị cáo Hoàng Xuân Hiệp, cựu Trưởng phòng Kinh tế phát triển đô thị, Viện Kinh tế xây dựng. Theo đó, đề nghị giảm án cho bị cáo Hiệp từ 3 năm tù thành 3 năm tù nhưng cho bị cáo được hưởng án treo.
Đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử cấp phúc thẩm không chấp nhận kháng cáo của các bị cáo: Nguyễn Doãn Tú (cựu Phó Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị công trình y tế, Bộ Y tế); Nguyễn Chiến Thắng (cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm) và Nguyễn Hữu Tuấn (cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án chuyên ngành Xây dựng công trình y tế, kiêm phụ trách quản lý điều hành Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm).
