Trước đó, sáng 14/9 nhà trường tổ chức cho học sinh học tập theo kế hoạch, điểm danh sĩ số các lớp, trong đó học sinh bán trú lớp 6A3 có mặt đầy đủ và đều ăn trưa tại trường. Đến 14 giờ cùng ngày, giáo viên chủ nhiệm lớp 6A3 tổ chức cho học sinh lao động theo kế hoạch của nhà trường, phát hiện hai học sinh của lớp là em Mùa A Lông và Cháng A Dơ, đều là dân tộc Mông, cùng ở bản Pú Múa, xã Mường Mươn, vắng mặt.
Giáo viên chủ nhiệm đã hỏi học sinh cùng lớp và được biết hai em này đi thăm em ruột của Cháng A Dơ, hiện đang học ở Trường Phổ thông Dân tộc Bán trú Tiểu học số 1 Mường Mươn. Do phải chỉ đạo học sinh lao động nên giáo viên chủ nhiệm không đi tìm học sinh ngay được.
Sau buổi lao động, đến bữa cơm tối vẫn chưa thấy hai học sinh về, giáo viên chủ nhiệm lớp đã chủ động gọi điện liên lạc với phụ huynh của hai học sinh trên để phản ánh, nhưng không liên lạc được. Tiếp đó, thầy giáo phụ trách quản lý học sinh ăn bán trú của nhà trường đã gọi điện báo cáo Chủ tịch UBND xã Mườn Mươn về việc học sinh vắng mặt. Sáng 15/9, giáo viên chủ nhiệm đã báo cáo sự việc trên đến Hiệu trưởng nhà trường; Hiệu trưởng tiếp tục báo cáo với Chủ tịch UBND xã và Trưởng công an xã.
Khoảng 14 giờ 30 phút ngày 15/9, nhà trường nhận được thông tin có một thi thể trẻ em tại suối bản Hin, xã Na Sang, cách khoảng 8 km. Nhà trường đã khẩn trương đến và xác nhận đây là thi thể em Cháng A Dơ. Ngay sau đó, huyện Mường Chà đã tổ chức các lực lượng tìm kiếm, cứu hộ, cứu nạn tiếp tục tổ chức tìm kiếm học sinh còn lại. Đến khoảng 6 giờ 30 ngày 16/9, lực lượng cứu hộ đã tìm được học sinh còn lại cũng trong tình trạng bị đuối nước ở khu vực suối bản Hin, xã Na Sang.
Sau khi làm các thủ tục liên quan, lực lượng chức năng đã bàn giao thi thể hai học sinh cho gia đình để lo tang lễ. Lãnh đạo UBND huyện Mường Chà, chính quyền địa phương, các cơ quan, ban ngành, nhà trường đã tổ chức đến thăm hỏi, chia buồn, động viên và hỗ trợ đối với gia đình hai học sinh.