Với cương vị Ủy viên Trung ương Đảng, Ủy viên Ban cán sự đảng Chính phủ, Phó Thủ tướng Chính phủ (phụ trách lĩnh vực đổi mới doanh nghiệp từ tháng 8/2011 đến tháng 4/2016), đồng chí Vũ Văn Ninh đã ký các văn bản đồng ý cho giảm và thoái toàn bộ vốn nhà nước tại Công ty Cổ phần cảng Quy Nhơn; bán phần vốn nhà nước hiện có tại Công ty Cổ phần cảng Quảng Ninh; đồng ý chủ trương để Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa sau khi nhận chuyển giao Công ty Cổ phần cảng Nha Trang tiếp tục được thoái vốn nhà nước theo hướng nhà nước không nắm giữ cổ phần chi phối; đồng ý chủ trương cổ phần hóa Công ty mẹ - Tổng Công ty Cảng Hàng không Việt Nam (doanh nghiệp này không thuộc đối tượng cổ phần hóa); đồng ý chủ trương cổ phần hóa 10 đoạn quản lý đường thủy nội địa, đây là các đơn vị sự nghiệp kinh tế chưa được quy định cổ phần hóa. Nội dung những văn bản đồng chí Vũ Văn Ninh đã ký nêu trên trái với Kết luận của Bộ Chính trị và Nghị định của Chính phủ về cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước gắn với tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước...
Với cương vị Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Ban cán sự đảng, Bộ trưởng Bộ Tài chính kiêm Chủ tịch Hội đồng quản lý Bảo hiểm xã hội Việt Nam (giai đoạn từ tháng 7/2006 đến năm 2011), đồng chí Vũ Văn Ninh đã thiếu trách nhiệm lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát, vi phạm Luật Bảo hiểm xã hội, Nghị định của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bảo hiểm xã hội Việt Nam; để hai Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam (năm 2008 - 2009) vi phạm nghiêm trọng các quy định của pháp luật trong việc ký các hợp đồng cho Công ty cho thuê tài chính II, là tổ chức tín dụng phi ngân hàng thuộc Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam vay 1.010 tỉ đồng. Đến nay, Công ty cho thuê tài chính II đã phá sản, làm cho Nhà nước thiệt hại lớn số tiền gốc và tiền lãi, hai lãnh đạo Bảo hiểm xã hội Việt Nam và nhiều cán bộ, đảng viên liên quan bị khởi tố để điều tra hình sự.
Vi phạm, khuyết điểm của đồng chí Vũ Văn Ninh là nghiêm trọng, làm thiệt hại rất lớn tiền của Nhà nước, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và cá nhân đồng chí, gây dư luận xấu, cần phải thi hành kỷ luật nghiêm minh theo quy định của Đảng.
Quá trình kiểm điểm, đồng chí Vũ Văn Ninh đã nhận thức rõ trách nhiệm cá nhân về các vi phạm, khuyết điểm trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công.
Căn cứ Quy định số 102-QĐ/TW, ngày 15/11/2017 của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm, xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả vi phạm và quá trình công tác, cống hiến, đóng góp của đồng chí đối với Đảng, Nhà nước, Bộ Chính trị quyết định thi hành kỷ luật đồng chí Vũ Văn Ninh bằng hình thức cảnh cáo. Bộ Chính trị yêu cầu cấp có thẩm quyền xử lý kỷ luật về hành chính đối với đồng chí Vũ Văn Ninh tương ứng với xử lý kỷ luật về Đảng.
