Quyết định trên được đưa ra hai ngày sau khi Mohammed cùng hai đồng phạm là Walid bin Attash và Mustafa al-Hawsawi đồng ý nhận tội để nhận án tù chung thân, nhằm tránh bị tuyên tử hình nếu bị xét xử. Lầu Năm Góc không nêu chi tiết thỏa thuận.
Tuy nhiên, trong bản ghi nhớ gửi đến ông Susan Escallier, người giám sát tòa án chiến tranh Guantanamo của Lầu Năm Góc, Bộ trưởng Austin thông báo rút lại thẩm quyền của quan chức này trong việc ký các thỏa thuận nhận tội với 3 nghi phạm trên trước khi xét xử. Ông Austin cho biết chính ông sẽ chịu trách nhiệm về việc này. Động thái này một lần nữa đặt án tử hình lên bàn cân đối với 3 nghi phạm trên.
Thỏa thuận với Mohammed và hai đồng phạm được cho là sẽ giúp kết thúc vụ án đã bế tắc nhiều năm ở Mỹ. Đề xuất thỏa thuận nhận tội từng gây nhiều tranh cãi từ các gia đình của gần 3.000 nạn nhân, khi một số người muốn các bị cáo phải đối mặt án tử hình. Nhiều nghị sĩ đảng Cộng hòa, trong đó có Chủ tịch Hạ viện Mike Johnson và lãnh đạo phe thiểu số tại Thượng viện Mitch McConnell, cũng chỉ trích gay gắt các thỏa thuận nhận tội.
Lực lượng chức năng Mỹ đã bắt giữ Mohammed vào năm 2003. Hắn bị cáo buộc là chủ mưu vụ điều khiển máy bay chở khách đâm vào Trung tâm Thương mại Thế giới ở thành phố New York và vào Lầu Năm Góc. Mohammed bị Cơ quan Tình báo Trung ương Mỹ (CIA) giam giữ trước khi chuyển đến Guantanamo, nơi đối tượng cùng 2 đồng phạm bị giam giữ cho đến hiện nay. Quá trình truy tố, xét xử bị kéo dài liên quan đến các biện pháp thẩm vấn mà lực lượng Mỹ áp dụng đối với các đối tượng này trong thời gian giam giữ.
Ngày 11/9/2001, cả thế giới rúng động khi 19 đối tượng khủng bố al-Qaeda chiếm quyền điều khiển 4 máy bay chở khách cỡ lớn, sau đó lần lượt cho máy bay chuyển hướng, tấn công hàng loạt mục tiêu ở Mỹ. Loạt vụ tấn công trên đã làm 2.977 người thiệt mạng, hơn 6.000 người khác bị thương và gây ra thiệt hại ít nhất 10 tỷ USD về tài sản và cơ sở hạ tầng, đồng thời gây những tổn thất tổng cộng ước tính lên tới 3.000 tỷ USD.
