Theo đó, việc kiểm soát và thanh toán vốn ODA, vốn vay ưu đãi (kiểm soát chi) áp dụng theo các quy định hiện hành đối với nguồn vốn ngân sách nhà nước. Kho bạc Nhà nước các cấp thực hiện việc kiểm soát hồ sơ thanh toán của dự án hoặc hợp phần dự án được ngân sách nhà nước cấp phát; dự án áp dụng cơ chế cấp phát một phần, vay lại một phần theo tỷ lệ và dự án vay lại của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh. Cơ quan cho vay lại được Bộ Tài chính ủy quyền thực hiện việc kiểm soát hồ sơ thanh toán của dự án hoặc hợp phần dự án áp dụng cơ chế vay lại toàn bộ.
Đối với các chương trình, dự án khác chưa được xác định theo những mục trên, Bộ Tài chính xác định cơ quan kiểm soát chi phù hợp, đảm bảo nguyên tắc không có hai cơ quan kiểm soát chi cùng kiểm soát một hoạt động chi tiêu của dự án.
