Đồng thời, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đề nghị truy tố 14 bị can về các tội "Nhận hối lộ", "Đưa hối lộ", "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng", "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Trong đó, Nguyễn Thị Thanh Nhàn (Chủ tịch Công ty AIC), Trần Mạnh Hà (Phó Tổng Giám đốc Công ty AIC), Trần Đăng Tấn (Trưởng Văn phòng đại diện Công ty AIC tại TP Hồ Chí Minh) bị đề nghị truy tố về tội "Đưa hối lộ", "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".
Dương Hoa Xô (nguyên Giám đốc Trung tâm Công nghệ sinh học thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn TP Hồ Chí Minh) bị đề nghị truy tố tội "Nhận hối lộ".
8 bị can khác là cán bộ của Trung tâm Công nghệ sinh học TP Hồ Chí Minh, Công ty Kiểm toán AISC, Viện Xây dựng và Quản trị kinh doanh TP Hồ Chí Minh, Công ty Thẩm định giá SEAAC, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hồ Chí Minh… bị đề nghị truy tố tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng". Có 2 người bị đề nghị truy tố tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Đáng chú ý, Phan Quốc Việt (Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Công nghệ Việt Á) được xác định là người liên quan vụ án.
Theo kết luận, năm 2014, Trung tâm Công nghệ sinh học được phê duyệt kế hoạch chọn nhà thầu cung cấp thiết bị dự án với giai đoạn 1 trị giá 149 tỉ đồng; giai đoạn 2 trị giá khoảng 200 tỉ đồng và giai đoạn 3 trị giá hơn 75 tỉ đồng. Biết việc này, Nguyễn Thị Thanh Nhàn đề nghị và được lãnh đạo Trung tâm Công nghệ sinh học là Dương Hoa Xô đồng ý cho Công ty AIC tham gia, tạo điều kiện để trúng thầu. Bị can Trần Mạnh Hà thì đề nghị để AIC đạt lợi nhuận 40% giá trị các gói thầu và cũng được Dương Hoa Xô đồng ý.
Tại giai đoạn 1 năm 2015, bị can Nhàn đồng ý cho Công ty Việt Á của Phan Quốc Việt và Công ty Vimedimex đứng tên thầu liên danh. Nhóm này thống nhất danh mục thiết bị và lập nhóm "quân xanh" tham gia đấu thầu.
Cùng với đó, bị can Dương Hoa Xô do thông đồng với Công ty AIC nên thuê công ty định giá, yêu cầu ra chứng thư định định giá các thiết bị cần mua với 169 tỉ đồng (cao hơn dự kiến ban đầu là 149 tỉ đồng như đã nói ở trên). Kết quả, liên danh AIC - Việt Á trúng 2 gói thầu còn Vimedimex trúng 1 gói thầu của giai đoạn 1.
Với 6 gói thầu của giai đoạn 2 và 3 tiến hành trong các năm 2017-2018, các bị can lại tiếp tục thông thầu, nâng khống giá để đảm bảo nhóm doanh nghiệp liên quan AIC trúng thầu với lợi nhuận 40%.
Cơ quan điều tra cho rằng Dương Hoa Xô đã làm sai quy định, gây thiệt hại cho Trung tâm Công nghệ sinh học hơn 94 tỉ đồng tại 8 gói thầu. Trong quá trình sai phạm, bị can Dương Hoa Xô được người của AIC 6 lần hối lộ tổng số 14,4 tỉ đồng.
Bị can Nguyễn Thị Thanh Nhàn dù vẫn đang bỏ trốn nhưng cơ quan điều tra căn cứ lời khai của Dương Hoa Xô, Phan Quốc Việt và các chứng cứ khác để xác định bị can này là chủ mưu, cầm đầu trong việc để nhóm AIC thông thầu, gây thiệt hại hơn 83 tỉ đồng.
Trong quá trình điều tra, Phan Quốc Việt khai đã đưa Công ty Việt Á vào tham gia liên danh với Công ty AIC và chỉ đạo cấp dưới tìm cách xây dựng hồ sơ mời thầu theo hướng có lợi cho cả nhóm. Việt còn giao người khác lập các hồ sơ "quân xanh" đi đấu thầu. Tuy nhiên, Phan Quốc Việt không bị xử lý hình sự trong vụ việc này.
Hiện nay, Nguyễn Thị Thanh Nhàn, Trần Mạnh Hà và Trần Đăng Tuấn đều đang bỏ trốn, đang bị truy nã. Nhưng cơ quan điều tra cho rằng, từ những tài liệu thu thập được, cùng với lời khai của những người liên quan, trong đó có lời khai của Chủ tịch Việt Á Phan Quốc Việt, đủ cơ sở xác định hành vi phạm tội của Nguyễn Thị Thanh Nhàn cùng cấp dưới.
