Điều đó dẫn tới các hoạt động của cảng đều tác động tiêu cực đến sinh thái và môi trường tự nhiên, như làm mất các nơi sinh cư của động thực vật, gây ô nhiễm nước, không khí và đất xung quanh khu vực cảng. Những tác nhân gây ô nhiễm vùng cảng biển lớn nhất là dầu mỡ khoáng, các phế thải trên tàu và phế liệu xây dựng xả xuống biển. Do đó, hàm lượng dầu mỡ khoáng trong nước biển cũng có xu hướng gia tăng tại các khu vực vịnh và cảng biển.
Một số khu vực cảng biển có hàm lượng dầu mỡ khoáng vượt ngưỡng quy chuẩn Việt Nam (QCVN 10-MT:2015/BTNMT). Phát triển về số lượng cảng biển và mật độ tàu thuyền trong những năm qua đã làm gia tăng mối đe dọa về ô nhiễm môi trường biển.
Việc đầu tư mở cảng ở những địa phương không có nhiều lợi thế cảng nước sâu trong khi hàng hóa ít, điều kiện tự nhiên không cho phép khiến một số cảng phải làm đê chắn sóng, nạo vét luồng hàng hải, thường xuyên duy tu bảo dưỡng, làm mới hệ thống giao thông đường bộ... thậm chí phá vỡ quy hoạch, gây ô nhiễm nghiêm trọng đến môi trường biển. Đặc biệt, nước thải công nghiệp và nước thải sinh hoạt đổ ra biển chưa qua xử lý nên chỉ số vi trùng học luôn ở mức cao. Ở một số cảng đáng báo động là hàm lượng thủy ngân đã vượt ngưỡng cho phép, đơn cử như cảng Vũng Tàu vượt 3,1 lần, cảng Nha Trang vượt 1,1 lần…
Do tốc độ phát triển nhanh chóng và việc gia tăng lượng khách du lịch, tăng cường hoạt động xây dựng phát triển cơ sở hạ tầng dịch vụ du lịch; gia tăng nhu cầu sử dụng các giá trị tài nguyên thiên nhiên như các nguồn nước, cảnh quan tự nhiên, bãi biển, hồ nước,... đã gây tác động không nhỏ đến môi trường được thể hiện rõ nét nhất là vấn đề rác thải, nước thải, chất thải độc hại và vấn đề vệ sinh môi trường từ hoạt động du lịch...
Tại nhiều khu vực, do hoạt động du lịch phát triển “nóng” vượt năng lực quản lý, hoặc do nhận thức của những người có trách nhiệm và điều hành còn hạn chế nên các hoạt động du lịch đã vượt quá khả năng đáp ứng của tài nguyên thiên nhiên và môi trường, gây tình trạng ô nhiễm cục bộ và nguy cơ suy thoái môi trường về lâu dài. Nhất là công tác vệ sinh tại các khu du lịch ven biển chưa được chú trọng, rác thải chưa được thu gom xử lý triệt để, ý thức giữ gìn vệ sinh môi trường của người dân còn kém dẫn tới tình trạng vứt rác, thức ăn thừa bừa bãi trên biển biến bãi biển thành nơi chứa rác khổng lồ, tác động ngược trở lại quá trình phát triển du lịch.
Những nguyên nhân nêu trên đã và đang làm tình trạng ô nhiễm môi trường biển ngày càng trầm trọng, nguồn tài nguyên từ biển bị suy giảm đáng kể.
