Theo các chuyên gia công nghệ, FaceApp hoạt động dựa trên thuật toán của AI. Vì vậy, Ariel Hochstadt, đồng sáng lập công ty bảo mật trực tuyến vpnMentorlo (Mỹ), lo ngại FaceApp có nguy cơ trở thành công cụ do thám. "Khi người dùng cấp quyền truy cập vào máy ảnh, nó có thể bí mật ghi lại ai đó, tải lên máy chủ từ xa và đối chiếu với cơ sở dữ liệu khuôn mặt khổng lồ đã thu thập được từ trước", Hochstadt giải thích. Ngoài ra, thay vì cho người dùng lựa từng tấm ảnh muốn chỉnh sửa để tải lên, FaceApp sẽ yêu cầu quyền truy cập và đưa toàn bộ kho hình ảnh của mình lên điện toán đám mây để lưu trữ chứ không thực hiện chỉnh sửa ngay trên thiết bị.
Tuy nhiên, Fabio Assolini, nhà phân tích bảo mật cao cấp tại Kaspersky khẳng định, ứng dụng này không chứa yếu tố gây hại nào. Nhưng vì nhận dạng khuôn mặt là công nghệ được sử dụng chủ yếu để xác thực mật khẩu, người dùng cần rất cẩn thận khi chia sẻ hình ảnh với bên thứ ba.
Cũng theo Assolini, các công ty sở hữu những ứng dụng như thế này có khả năng tạo điều kiện hoặc bán những hình ảnh này cho đơn vị sử dụng trí tuệ nhân tạo để thực hiện sửa đổi nhận dạng khuôn mặt. Ngoài ra, phải tính đến việc những dữ liệu này được lưu trữ trên máy chủ của bên thứ ba. Dữ liệu có thể bị tin tặc đánh cắp và sử dụng để mạo danh danh tính. Do đó, trước khi tải ứng dụng, người dùng nên lưu ý đến tính bảo mật của ứng dụng và chỉ tải xuống từ những cửa hàng chính thức.