Theo Sở Giao thông Vận tải, các đơn vị liên quan của Thành phố và Bộ Giao thông Vận tải đã họp và thống nhất bảo tồn nguyên trạng tại chỗ một phần cầu đường sắt Bình Lợi gồm 2 nhịp cầu giáp bờ phía quận Thủ Đức; trong đó, có một nhịp cầu quay và một tháp canh đầu cầu phía quận Thủ Đức.
Cầu đường sắt Bình Lợi hiện có độ tĩnh không thấp, không đảm bảo an toàn giao thông thủy trên sông Sài Gòn. Đối với ý tưởng đưa về lưu giữ tại các bảo tàng, theo đánh giá của Sở Văn hóa và Thể thao cũng như Bảo tàng TP Hồ Chí Minh, hiện không có điều kiện mặt bằng để lưu giữ, bảo tồn các thanh ray, dầm, hệ vòm của nhịp 3 (dài 62m, vòm dàn thép cong, nguyên dạng của Pháp) và các cấu kiện khác. Mặt khác, kinh phí để lưu giữ, bảo tồn và duy tu lớn.
Về quản lý, khai thác các hạng mục bảo tồn cầu đường sắt Bình Lợi, Sở Giao thông Vận tải kiến nghị UBND TP Hồ Chí Minh giao Sở Văn hóa và Thể thao chủ trì, xem xét xếp hạng, đề nghị xếp hạng di tích đối với các hạng mục bảo tồn; phân cấp cho cơ quan, đơn vị có chức năng thực hiện việc quan lý, duy tu, bảo dưỡng, vận hành khai thác đối với các hạng mục bảo tồn của cầu đường sắt Bình Lợi theo quy định.
Ngoài ra, sau khi hoàn thành tháo dỡ cầu đường sắt Bình Lợi, phạm vi khu vực cầu đường sắt Bình Lợi cũ (phía bờ quận Bình Thạnh), Sở Giao thông Vận tải đề xuất giao Trung tâm Quản lý đường thủy nghiên cứu xây dựng bến thủy nội địa phục vụ vận tải hành khách và du lịch đường thủy kết hợp cấp cứu bằng đường thủy.
Cầu Bình Lợi là cầu đường sắt vượt sông Sài Gòn được đưa vào sử dụng năm 1902, chiều dài 276m, gồm 6 nhịp với độ tĩnh không thông thuyền thấp nên có nhịp quay (không còn hoạt động) ở phía bờ quận Thủ Đức cho tàu thuyền qua lại.
