Về quy hoạch phân khu chức năng, khu vực bảo vệ di tích (có diện tích 28.032 m2), trong đó khu vực bảo vệ I (diện tích 10.441 m2) là khu vực có các yếu tố gốc cấu thành di tích cần bảo vệ nghiêm ngặt; bao gồm các công trình: Tam quan, gác chuông, tiền đường, thiêu hương, nhà cầu, thượng điện, Tích Thiện am, nhà trung, phủ thờ, hậu đường, hai dãy hành lang, nhà Tổ đệ nhất, nhà vong, nhà khách và các sân trong nội tự. Khu vực này bảo tồn cấu trúc không gian các công trình di tích; bảo quản, tu bổ các hạng mục di tích và các hiện vật thuộc di tích theo định kỳ hoặc khi phát hiện các dấu hiệu xuống cấp; bố trí thiết kế đồng bộ hệ thống phòng cháy chữa cháy, điện, an ninh.
Khu vực bảo vệ II (diện tích 17.591 m2), là khu vực cảnh quan, sân vườn và các công trình phụ trợ bao quanh khu vực bảo vệ I. Khu vực này thực hiện chỉnh trang, phục dựng các công trình xuống cấp, di dời một số công trình không phù hợp; cải tạo ao, hệ thống sân vườn, trồng bổ sung các loại cây xanh tạo điểm nhấn cảnh quan cho di tích; tôn tạo đường giao thông nội khu bảo đảm việc kết nối liên thông trong khu di tích.
Khu vực phát huy giá trị di tích và phục vụ du lịch (diện tích 54.02 l m2), là khu vực cảnh quan thiên nhiên bao quanh khu vực bảo vệ II tạo vùng đệm bảo vệ cảnh quan di tích và xây dựng mới các công trình phục vụ nhu cầu của khách đến tham quan di tích.
Về định hướng phát huy giá trị di tích gắn với phát triển du lịch, các sản phẩm du lịch chủ yếu gồm: Các hoạt động văn hóa tâm linh truyền thống gắn với di tích: Các lễ hội, nghi thức tôn giáo, tín ngưỡng...; tổ chức lễ hội và các sự kiện có chủ đề lịch sử, văn hóa tại di tích Chùa Bút Tháp; tổ chức các hoạt động trải nghiệm thực tế, biểu diễn hát Quan họ, tìm hiểu phong tục tập quán của địa phương, trò chơi dân gian, tham quan cảnh quan sinh thái nông nghiệp khu vực ven sông Đuống và khu vực phụ cận; xây dựng các chương trình, hoạt động nghiên cứu, tìm hiểu giá trị về lịch sử, kiến trúc, nghệ thuật của di tích Chùa Bút Tháp; đầu tư phát triển sản phẩm lưu niệm đặc trưng gắn với các đặc sản của địa phương.
Theo quy hoạch, sẽ phát triển tuyến du lịch nội vùng kết nối Chùa Bút Tháp với các điểm di tích lân cận trong xã Đình Tổ, trong huyện Thuận Thành với các hoạt động tìm hiểu văn hóa, lịch sử, phong tục tập quán, thưởng thức các món ăn đặc sản và tham quan trải nghiệm tại các làng nghề thủ công truyền thống và các điểm di tích nổi tiếng của địa phương.
Tuyến du lịch gắn kết di tích Chùa Bút Tháp với các khu, điểm du lịch trọng điểm của vùng Kinh Bắc (Làng tranh dân gian Đông Hồ, Chùa Dâu, Chùa Phật Tích, Thành cổ Luy Lâu, Lăng và đền thờ Cao Lỗ Vương, Khu lăng mộ và đền thờ các vị vua triều Lý, đền thờ Bà Chúa Kho...).
Tuyến du lịch liên tỉnh kết nối Chùa Bút Tháp với các khu di tích ở các tỉnh khác như Khu di tích nhà Trần ở Đông Triều (Quảng Ninh), Thiền viện Trúc Lâm Tây Thiên (Vĩnh Phúc), Chùa Vĩnh Nghiêm, Chùa Bổ Đà (Bắc Giang)...; tuyến du lịch chuyên đề về chùa cổ Việt Nam, tham quan các làng Quan họ cổ, làng nghề truyền thống vùng Kinh Bắc, kết nối với các địa phương trong vùng đồng bằng sông Hồng và duyên hải Đông Bắc; tuyến du lịch sinh thái nông nghiệp dọc theo sông Đuống.
