Từ năm 2011, với chức năng nhiệm vụ được giao, Kiểm toán Nhà nước đã bắt đầu kiểm toán tái cơ cấu cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước và kiểm toán kết quả tư vấn định giá và xử lý các vấn đề tài chính trước khi chính thức công bố giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa.
Hoạt động kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước góp phần làm lành mạnh nền tài chính quốc gia, tăng thu, giảm chi ngân sách hàng ngàn tỷ đồng, kết quả năm sau luôn cao hơn năm trước.
Đặc biệt năm 2016, qua kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị xử lý tài chính 38.775,9 tỷ đồng tăng gấp 1,8 lần so với năm 2015, là năm có kết quả kiến nghị cao nhất trong 22 năm hoạt động của Kiểm toán Nhà nước.
Năm 2017 sơ bộ kết quả kiểm toán, riêng Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành VI đã kiến nghị xử lý tài chính tăng thu ngân sách nhà nước gần 4 ngàn tỷ đồng; xử lý tài chính khác trên 6 ngàn tỷ đồng; Kết quả xác định giá trị doanh nghiệp đã tăng vốn nhà nước trên 9 ngàn tỷ đồng.
Từ năm 2012 - 2016, Kiểm toán Nhà nước đã kiểm toán kết quả tư vấn định giá và xử lý các vấn đề tài chính trước khi chính thức công bố giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa của 17 doanh nghiệp nhà nước; Kết quả đã xác định tăng giá trị vốn nhà nước 22.230,8 tỷ đồng; kiến nghị tăng thu cho ngân sách nhà nước hàng ngàn tỷ đồng.
Bên cạnh đó, nhiều tồn tại, hạn chế, bất cập trong quản lý, điều hành, sử dụng tài chính, tài sản công đã được phát hiện và kiến nghị chấn chỉnh kịp thời.
Theo đó, Kiểm toán Nhà nước đã chỉ ra những hạn chế, bất cập trong thực hiện tái có cấu doanh nghiệp nhà nước giai đoạn 2011 - 2015 như: Đến 31/12/2015, cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước chỉ đạt 96,3% kế hoạch; trong đó, những doanh nghiệp chưa được cổ phần hóa theo kế hoạch tuy chỉ chiếm tỷ lệ nhỏ nhưng đều là những doanh nghiệp có khó khăn, vướng mắc, thua lỗ, kém hiệu quả, không có lợi thế về đất...nên rất khó cổ phần hóa, nhiều trường hợp không thể cổ phần hóa nếu không có biện pháp tháo gỡ.
Nhiều doanh nghiệp không bán được hết cổ phần theo phương án được phê duyệt, hoặc tỷ lệ bán ra ngoài được rất nhỏ. Các Tập đoàn, Tổng công ty mới chỉ thoái được khoảng 40% số vốn phải thoái ra khỏi lĩnh vực ngân hàng, bảo hiểm, bất động sản, chứng khoán, quỹ đầu tư.
Nhiều trường hợp thực hiện tái cơ cấu, thoái vốn chưa theo nguyên tắc thị trường mà dưới các hình thức cấn trừ công nợ hoặc chuyển nợ thành vốn góp, bàn giao nguyên trạng...
Bên cạnh đó, nhiều doanh nghiệp thoái vốn không triệt để, lĩnh vực nhà nước không cần nắm giữ nhưng tỷ lệ thoái vốn thấp, tỷ lệ vốn Nhà nước nắm giữ vẫn ở mức cao, chưa đa dạng hóa sở hữu.
Quản lý vốn tại các doanh nghiệp có phần vốn nhà nước không chi phối khó khăn, đặc biệt là tại các doanh nghiệp kinh doanh thua lỗ, thuộc diện giám sát tài chính hoặc có cổ đông lớn thiếu hợp tác.
Một số doanh nghiệp cổ phần có hiệu quả kinh doanh cao nhưng hàng năm chia cổ tức ở mức rất thấp dẫn đến Quỹ Đầu tư phát triển có số dư lớn nhưng không được sử làm ảnh hưởng đến việc thực hiện nghĩa vụ với ngân sách nhà nước đối với phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp.
Giai đoạn 2011 - 2015, việc chuyển giao quyền đại diện chủ sở hữu nhà nước tại doanh nghiệp của các bộ, ngành, UBND các tỉnh về Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn Nhà nước (SCIC) chưa tốt và chậm; việc thực hiện mục tiêu quản lý, đầu tư, kinh doanh vốn nhà nước tại doanh nghiệp gắn với quá trình tích tụ, tập trung vốn nhà nước vào các ngành, lĩnh vực quan trọng, chưa đạt hiệu quả như mong muốn.
Từ phát hiện trên, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo xây dựng mô hình thực hiện chức năng đại diện chủ sở hữu nhà nước tách bạch với chức năng quản lý nhà nước; kiến nghị cơ chế chuyển giao quyền đại diện vốn về SCIC và đánh giá cơ chế thí điểm thực hiện quyền đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước;
Kiểm toán Nhà nước kiến nghị các Bộ sửa đổi bổ sung cơ chế, chính sách và giải pháp quản lý; kiến nghị các doanh nghiệp chấn chỉnh, khắc phục những tồn tại, khó khăn trong tổ chức thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn theo kế hoạch được phê duyệt.
