Theo văn bản kết luận kiểm tra của Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Lào Cai, vắc xin được bảo quản, vận chuyển từ Trung tâm Y tế huyện Bảo Thắng đến các điểm tiêm theo đúng quy định của Bộ Y tế (có phiếu xuất, nhập, có tủ lạnh bảo quản, có nhiệt kế theo dõi). Quá trình tổ chức tiêm chủng được thực hiện đúng kế hoạch, có phân công nhiệm vụ cho từng cán bộ, thông báo đầy đủ thời gian, địa điểm, đối tượng, vắc xin được sử dụng để tiêm chủng.

Cụ thể, đối với trường hợp của cháu bé tử vong, cán bộ y tế tại Trạm Y tế Phú Nhuận đã thực hiện tiêm mũi 3 vắc xin phòng viêm não Nhật Bản, liều lượng 0,5ml, vị trí dưới da mặt ngoài cánh tay, lô vắc xin JM-121217E, hạn sử dụng đến hết ngày 30/11/2019, do Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên vắc xin và sinh phẩm số 1 (VAVIOTECH) sản xuất, được Viện Vệ sinh dịch tễ trung ương cung cấp. Hai mũi tiêm phòng viêm não Nhật Bản trước đó được thực hiện lần lượt vào ngày 4/3/2018 và ngày 14/3/2018. 

Từ kết quả kiểm tra, đoàn công tác kết luận trường hợp tử vong của cháu bé loại trừ nguyên nhân do vắc xin, vì vắc xin đã được xác minh nguồn gốc rõ ràng, được bảo quản, theo dõi nhiệt độ và sử dụng đúng đối tượng. Ngoài ra, tiêm cùng bàn, cùng thời điểm, cùng lọ vắc xin với cháu bé tử vong còn có năm trẻ khác, nhưng các cháu này sức khỏe bình thường.

Trước đó, vào lúc 14 giờ 30 phút ngày 4/4, tại nhà văn hóa thôn Phú An 2, xã Phú Nhuận, huyện Bảo Thắng, tỉnh Lào Cai, Trạm Y tế xã Phú Nhuận tổ chức tiêm vắc xin trong Chương trình tiêm chủng mở rộng, trong đó tiêm vắc xin viêm não Nhật Bản B mũi 3 cho cháu Phạm Bích Trâm, sinh ngày 3/6/2016 (34 tháng tuổi), trú tại xã Phú Nhuận, huyện Bảo Thắng (Lào Cai).

Sau khi tiêm, đến 15 giờ ngày 5/4, cháu Trâm có biểu hiện mệt mỏi, khó thở, hạ thân nhiệt, được gia đình đưa đến Bệnh viện đa khoa Bảo Thắng. Sau 5 tiếng điều trị tiến triển không tốt, cháu được đưa tiếp đến Bệnh viện Sản - Nhi Lào Cai. Các bác sĩ tại đây chẩn đoán, bệnh nhân bị suy tim cấp. Sau 11 giờ điều trị kết quả không tiến triển tốt, gia đình đã đề nghị chuyển đến Bệnh viện Nhi Trung ương. Tại đây, bệnh nhân không qua khỏi sau 30 phút cấp cứu tích cực, tử vong vào lúc 16 giờ ngày 6/4/2019.