Qua thống kê, Bảo vật quốc gia là Bàn thờ Phật bằng đá (bệ đá hoa sen) bị vỡ 2 góc cánh hoa sen tầng thứ 5 (tầng trên cùng) và 1 góc cánh hoa sen tầng thứ 4. Toàn bộ phần gỗ, mái ngói âm, hệ thống điện bị cháy hỏng, hệ thống các pho tượng bằng đất và bằng gỗ trong ngôi tam bảo bị nhiệt tác động hư hại. Cơ sở vật chất trong chùa thiệt hại hoàn toàn. Tổng giá trị vật chất thiệt hại sơ bộ khoảng 25 tỷ đồng.
Hiện, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Phú Thọ phối hợp cùng lực lượng Công an xã, dân quân tự vệ địa phương phong tỏa, bảo vệ nghiêm ngặt hiện trường, đảm bảo phục vụ công tác điều tra. Đồng thời, Sở tiếp tục rà soát, thống kê thiệt hại do vụ cháy gây ra; đề xuất phương án tu bổ, tôn tạo; tập trung đầu tư, cân đối nguồn lực ngân sách, tích cực huy động các nguồn xã hội hóa để tu bổ, tôn tạo di tích trong thời gian sớm nhất, đáp ứng nhu cầu sinh hoạt tôn giáo của nhân dân. Sở nghiên cứu, đề xuất phương án bảo quản, bảo vệ Bảo vật quốc gia Bàn thờ Phật bằng đá.
Công an tỉnh Phú Thọ đã đề nghị Viện Khoa học hình sự (C09), Bộ Công an phối hợp điều tra làm rõ nguyên nhân vụ cháy. Trong ngày 24/10, Viện đã cử những cán bộ của Phòng Giám định kỹ thuật cháy nổ đến khám nghiệm hiện trường.
Chùa Phổ Quang được Bộ Văn hóa Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) xếp hạng di tích lịch sử văn hóa cấp Quốc gia ngày 10/7/1980. Ngôi chùa được xây dựng cách đây trên 800 năm và còn lưu giữ được nhiều di vật, cổ vật có giá trị; trong đó có Bàn thờ Phật bằng đá được công nhận là Bảo vật quốc gia năm 2021
Năm 2016, chùa Phổ Quang đã được tu bổ, tôn tạo với kinh phí 24 tỷ đồng; trong đó, ngân sách tỉnh hỗ trợ 400 triệu đồng, còn lại từ nguồn xã hội hóa và các nguồn vốn huy động hợp pháp khác.
