Ba bị cáo trong vụ án này gồm: Phạm Minh Hoàng (sinh năm 1982, nguyên cán bộ Phòng Chống buôn lậu và xử lý vi phạm, Cục Hải quan thành phố Hà Nội), Trần Trọng Cường (sinh năm 1974, trú tại phường Bạch Đằng, quận Hai Bà Trưng, Hà Nội), Hoàng Văn Diện (sinh năm 1992, ở tại chung cư Golden Land, số 275 Nguyễn Trãi, phường Thanh Xuân Trung, quận Thanh Xuân, Hà Nội). Trong đó, 2 bị cáo Phạm Minh Hoàng và Trần Trọng Cường bị Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội truy tố về tội “Tham ô tài sản” theo quy định tại Điều 353, khoản 4, điểm a - Bộ luật Hình sự năm 2015; Hoàng Văn Diện bị truy tố về tội “Buôn bán hàng cấm” theo quy định tại Điều 155, khoản 2, điểm đ – Bộ luật Hình sự năm 1999.
Vụ án bắt nguồn từ ngày 26/7/2017, Phòng Chống buôn lậu và xử lý vi phạm (Cục Hải quan thành phố Hà Nội) phát hiện tại kho tang vật thuộc Cục Hải quan thành phố Hà Nội bị thiếu hụt 156 kg ngà voi và có dấu hiệu bị đánh tráo ngà voi giả. Ngay sau đó, Cục Hải quan thành phố Hà Nội đã gửi công văn đề nghị Công an thành phố Hà Nội xác minh, điều tra làm rõ.
Qua điều tra, đã xác định: Tháng 6/2016, Phạm Minh Hoàng được phân công làm thủ kho quản lý kho tang vật thuộc Phòng Chống buôn lậu và xử lý vi phạm (Cục Hải quan thành phố Hà Nội). Hoàng được giữ 2 chìa khóa ra, vào kho, có nhiệm vụ theo dõi việc nhập, xuất, quản lý, bảo quản, đề xuất xử lý tang vật vi phạm bị thu giữ trong lĩnh vực hoạt động hải quan của Cục Hải quan thành phố Hà Nội, ký niêm phong và dán niêm phong khóa cửa khi nhập, xuất tang vật.
Trong thời gian làm việc tại Cục Hải quan thành phố Hà Nội, Phạm Minh Hoàng quen Trần Trọng Cường. Tháng 4/2017, do có nhu cầu chi tiêu cá nhân và cần tiền trả nợ nên Hoàng nảy sinh ý định lấy ngà voi từ kho tang vật đem bán lấy tiền. Hoàng đã trao đổi với Trần Trọng Cường, nhờ Cường tìm, giới thiệu người mua ngà voi để bán. Cường đồng ý và thỏa thuận với Hoàng: Hoàng sẽ trả tiền môi giới cho Cường; đồng thời Hoàng thông báo mẫu ngà voi trong kho tang vật, Cường đi mua ngà voi giả để Hoàng đưa vào kho thay thế, tránh bị phát hiện.
Sau đó, Cường liên hệ với Hoàng Văn Diện (là người có nhu cầu mua ngà voi) và giới thiệu cho Hoàng để bán ngà voi với giá 7.000.000 đồng/kg. Mỗi lần bán ngà voi thành công, Phạm Minh Hoàng đều trả phí môi giới cho Trần Trọng Cường.
Để lấy được ngà voi từ kho tang vật, Hoàng tự ý phá bỏ niêm phong kho, dùng chìa khóa kho được giao để vào lấy ngà voi, cho vào balô và mang ra ngoài bán cho Hoàng Văn Diện. Căn cứ mẫu, số lượng, khối lượng ngà voi, Trần Trọng Cường đặt làm ngà voi giả (bằng gỗ nếu ngà voi dạng khúc và bằng nhựa nếu ngà voi dạng hạt). Đến lần giao dịch kế tiếp, Cường sẽ mang balô đựng sẵn ngà voi giả giao cho Hoàng tráo vào kho tang vật để tránh bị phát hiện và nhận balo ngà voi từ Hoàng để giao dịch tiếp.
Ngoài ngà voi, lực lượng chứng năng đã phát hiện Phạm Minh Hoàng còn lấy sừng tê giác từ kho tang vật đem bán cho Diện.
Cơ quan điều tra xác định: Từ đầu tháng 4 đến tháng 5/2017, Phạm Minh Hoàng đã lợi dụng chức vụ được giao lấy 239,57 kg ngà voi và 6,14 kg sừng tê giác bán cho Hoàng Văn Diện thông qua Trần Trọng Cường, thu được 2.904.990.000 đồng. Cường là người môi giới và trực tiếp tham gia bán ngà voi, sừng tê giác với Hoàng. Cường cũng là người mua ngà voi giả để Hoàng mang vào kho đánh tráo nhằm tránh bị phát hiện. Cường được Hoàng trả công 200 triệu đồng. Do đó, Cường đã đồng phạm “Tham ô tài sản” với Phạm Minh Hoàng trong vai trò là người giúp sức.