Hội đồng xét xử đã tuyên phạt 12 bị cáo cùng về hành vi vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng, quy định tại khoản 3, điều 222 Bộ luật Hình sự 2015. Theo đó, 5 bị cáo nguyên là lãnh đạo, cán bộ của Sở gồm: Phạm Thị Hằng, nguyên Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo 4 năm tù; Nguyễn Văn Phụng, chuyên viên Phòng Kế hoạch tài chính 3 năm 6 tháng; Lê Văn Cương, nguyên Trưởng Phòng Kế hoạch tài chính 3 năm tù; Trịnh Hữu Nghĩa, nguyên Trưởng Phòng Kế hoạch tài chính 3 năm tù và Bùi Trí Thức, nguyên chuyên viên Phòng Kế hoạch tài chính 3 năm tù.
Bảy bị cáo khác liên quan đến vụ án là Lê Thế Sơn, Giám đốc Công ty Cổ phần sách và thiết bị trường học Thanh Hóa 4 năm tù; Đặng Xuân Minh, Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần thẩm định giá BTC Value 24 tháng tù; Nguyễn Quốc Việt, thẩm định viên Công ty Cổ phần thẩm định giá BTC Value 27 tháng tù; Hồ Thị Sáu, Công ty Cổ phần thẩm định giá BTC VALUE 15 tháng tù; Nguyễn Duy Linh, Giám đốc Công ty Nam Anh 24 tháng tù; Bùi Việt Long, Phó Trưởng Phòng kinh doanh Công ty Hoàng Đạo 24 tháng tù và bị cáo Vũ Thị Ninh, Kế toán trưởng Công ty Cổ phần sách và thiết bị trường học Thanh Hóa 24 tháng tù nhưng cho hưởng án treo.
Các bị cáo còn phải bồi thường hơn 20,8 tỷ đồng, nộp vào ngân sách nhà nước.
Theo cáo trạng, năm 2020, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Thanh Hóa triển khai hai gói thầu mua đồ dùng dạy học lớp 1 thực hiện Chương trình sách giáo khoa mới từ năm 2020 - 2021 cho các trường trên địa bàn với tổng kinh phí hơn 119 tỷ đồng. Lê Thế Sơn đã đến gặp Phạm Thị Hằng để xin trúng hai gói thầu này.
Phạm Thị Hằng chỉ đạo Lê Văn Cương và Nguyễn Văn Phụng tạo điều kiện cho Công ty của Sơn tham gia, trúng thầu. Quá trình thực hiện gói thầu số 1, Cương, Phụng đã thống nhất với Sơn để liên danh Thanh Hà (gồm Công ty Sách Thanh Hóa và Công ty Hoàng Đạo) trúng thầu gói thầu số 1.
Để hợp thức hóa hồ sơ trúng thầu, Cương, Phụng và Sơn lập danh mục thiết bị, giá từng loại thiết bị dạy học lớp 1. Sau đó, Sơn liên hệ với Bùi Việt Long, Phó trưởng Phòng Kinh doanh Công ty Hoàng Đạo lấy thông số kỹ thuật, cấu hình, giá máy chiếu và tự thống nhất giá để Phạm Thị Hằng ký tờ trình xin UBND tỉnh Thanh Hóa phê duyệt chủ trương thực hiện gói thầu.
Sau khi được UBND tỉnh Thanh Hóa đồng ý, Phạm Thị Hằng ký hợp đồng thuê Công ty thẩm định giá BTC VALUE thẩm định giá thiết bị gói thầu số 1 do Hồ Thị Sáu đại diện. Sau đó, Sáu sử dụng danh mục, giá thiết bị được Phụng, Sơn thống nhất từ trước rồi sửa dự thảo chứng thư thẩm định giá theo yêu cầu của Sơn và Phụng.
Từ danh mục được thống nhất, UBND tỉnh Thanh Hóa đã phê duyệt danh mục, dự toán mua đồ dùng dạy học gói thầu số 1 trên 33,6 tỷ đồng. Tiếp đến, Phạm Thị Hằng đã chỉ định Công ty Nam Anh lập hồ sơ mời thầu và đánh giá hồ sơ dự thầu gói thầu số 1 mà không thẩm định hồ sơ năng lực của công ty này theo đúng quy định. Nguyễn Duy Linh, Giám đốc Công ty Nam Anh đã giả mạo hồ sơ, đưa bằng cấp người khác vào cho đủ điều kiện.
Sau đó, Linh soạn thảo biên bản, hợp đồng tư vấn, quyết định chỉ định thầu, gửi Bùi Trí Thức rồi trình Hằng ký phê duyệt để lập hồ sơ mời thầu. Toàn bộ công việc lập hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu gói thầu số 1 đều do Nguyễn Duy Linh thực hiện theo yêu cầu của Phụng, Cương và Sơn.
Tại gói thầu số 2, các bị can trên cùng Trịnh Hữu Nghĩa, Vũ Thị Ninh, Đặng Xuân Minh, Nguyễn Quốc Việt đã lập khống hồ sơ, giấy tờ để hợp thức hóa, trình các cơ quan liên quan thông qua. Do gói thầu số 2 có giá trị lớn (gần 87 tỷ đồng), Công ty Sách Thanh Hóa không đủ năng lực tham gia, Sơn liên hệ với Công ty Hoàng Đạo, Công ty Khang An, Công ty Nam Hoa và Công ty Long Thành đề nghị cùng tham gia liên danh đấu thầu với tên gọi Liên danh Thanh Hà - Thanh Hóa. Do đã thông đồng từ trước, Liên danh đều do Sơn điều hành đã tham gia đấu thầu và trúng hai gói thầu, gây thiệt hại ngân sách 20,8 tỷ đồng.
