Theo Cơ quan điều tra, Chi nhánh Khu vực 6 của Sapharco có chức năng kinh doanh dược phẩm, dụng cụ y tế thông thường, mỹ phẩm cho các đại lý, nhà thuốc và bệnh viện tại Quận 12, huyện Hóc Môn. Theo quy định, các cửa hàng bán thuốc có ký hợp đồng đại lý bán lẻ với Sapharco nếu doanh số mua hàng trong vòng 2 quý không đạt sẽ bị ngưng hợp đồng. Quá trình kinh doanh, một số đại lý của Chi nhánh Khu vực 6 thường xuyên không đạt doanh số tối thiểu nên nhờ Nguyễn Thị Mỹ Dung "chạy" doanh số giúp. Dung tự viết đơn hàng với tên người đặt hàng là đại lý cần "chạy" với tổng giá trị đơn hàng tương đương với doanh số còn thiếu của đại lý này rồi đưa xuống kho của Chi nhánh xuất hàng đi tiêu thụ.
Đến cuối tháng hoặc cuối quý, bà Dung giao các hóa đơn đã "chạy" doanh số cho đại lý để chủ đại lý giữ hóa đơn nộp tiền thuế giá trị gia tăng của các hóa đơn này cho Dung. Từ tháng 1/2015 đến tháng 5/2018, bà Dung sử dụng tên của 85 đại lý, nhà thuốc để đặt mua hàng, nhận hàng của Chi nhánh Khu vực 6. Tiền bán thuốc thu được và tiền thuế giá trị gia tăng do đại lý nộp, bà Dung thanh toán một phần cho Sapharco, số còn lại chiếm đoạt tiêu xài cá nhân.
Hành vi phạm tội của bà Dung diễn ra trót lọt trong thời gian dài có trách nhiệm của sự buông lỏng quản lý, giám sát của bà Đặng Quyền Xuân Thanh (sinh năm 1977, nguyên Trưởng Chi nhánh Khu vực 6). Thậm chí, dù đã phát hiện việc Dung chiếm đoạt tiền hàng của Chi nhánh Khu vực 6 từ tháng 10/2017 nhưng bà Thanh không báo cáo về Công ty để giải quyết sự việc mà vẫn để Dung thực hiện công việc quản lý kế toán của Chi nhánh, tạo điều kiện cho Dung tiếp tục phạm tội. Tháng 6/2018, khi Công ty Sapharco đề nghị Chi nhánh khu vực 6 giải trình các khoản công nợ quá hạn trên 6 tháng, bà Thanh mới báo cáo hành vi phạm tội của Dung. Bà Thanh bị khởi tố về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng", được Cơ quan điều tra cho tại ngoại, cấm đi khỏi nơi cư trú.
