Tổng cộng 40 đội bóng từ 40 quốc gia và vùng lãnh thổ được phân thành 5 nhóm hạt giống và được bốc thăm để xếp vào 8 bảng đấu, mỗi bảng gồm 5 đội từ nhóm 1 đến nhóm 5. Xếp hạng hạt giống cho lễ bốc thăm được dựa trên bảng xếp hạng FIFA gần nhất.
Vòng loại thứ hai sẽ diễn ra từ tháng 9/2019 đến tháng 6/2020. Các đội thi đấu sân nhà - sân khách để chọn ra 8 đội đầu bảng và 4 đội nhì bảng có thành tích tốt nhất để vào vòng chung kết Asian Cup và vòng loại thứ 3 của World Cup 2022.
Việt Nam là đội xếp hạng cao nhất ở Đông Nam Á trên BXH thế giới và do đó sẽ được xếp vào nhóm hạt giống số 2 của lễ bốc thăm. Thái Lan và Philippines xuất hiện trong nhóm 3, trong khi Myanmar và Malaysia ở nhóm 4. Indonesia, Singapore và Campuchia ở nhóm 5.
Các nhóm hạt giống bốc thăm cho FIFA World Cup 2022 và Vòng loại AFC Asian Cup 2023:
Nhóm 1: Iran, Nhật Bản, Hàn Quốc, Australia, Qatar, Các tiểu vương quốc Arab thống nhất (UAE), Arab Saudi, Trung Quốc
Nhóm 2: Iraq, Uzbekistan, Syria, Oman, Lebanon, Cộng hòa Slovakia, Việt Nam, Jordan
Nhóm 3: Palestine, Ấn Độ, Bahrain, Thái Lan, Tajikistan, Triều Tiên, Đài Loan (Trung Quốc), Philippines
Nhóm 4: Turkmenistan, Myanmar, Hong Kong (Trung Quốc), Yemen, Afghanistan, Maldives, Kuwait, Malaysia
Nhóm 5: Indonesia, Singapore, Nepal, Campuchia, Bangladesh, Mông Cổ, Đảo Guam, Macau (Trung Quốc) / Sri Lanka
Trận lượt về vòng loại thứ nhất giữa Macau và Sri Lanka được tổ chức tại Colombo vào ngày 11/6 vừa qua đã bị hủy sau khi Macau từ chối tham dự vì lý do an toàn, dù đã thắng trận lượt đi với tỷ số 1-0. Hiện AFC vẫn chưa đưa ra quyết định về vụ việc này.
