Để kết thúc được Công đoàn Viên chức Việt Nam thì phải kết thúc công đoàn cơ sở thuộc Công đoàn Viên chức Việt Nam trước. Vì vậy, Đoàn Chủ tịch Tổng LĐLĐ Việt Nam thống nhất, đối với các công đoàn cơ sở hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập hưởng 100% lương ngân sách sẽ kết thúc hoạt động. Khi kết thúc hoạt động sẽ không thu công đoàn phí và kinh phí công đoàn nữa. Thời điểm dừng thu bắt đầu từ 1/6.
Mặc dù không thu công đoàn phí và kinh phí công đoàn từ 1/6, nhưng các công đoàn thuộc khối này vẫn tiếp tục hoạt động cho đến khi kết thúc hoạt động và bàn giao tài chính, tài sản hoàn thành trước ngày 25/6.
Theo tính toán của Tổng LĐLĐ Việt Nam, có khoảng 2,6 triệu đoàn viên công đoàn trên toàn quốc không phải đóng công đoàn phí từ 1/6/2025. Tổng số tiền công đoàn phí và kinh phí công đoàn của nhóm đối tượng dừng đóng vào khoảng trên 3.000 tỉ đồng/năm.
Đối với đơn vị sự nghiệp không hưởng lương ngân sách hoặc hưởng một phần từ ngân sách trực thuộc Công đoàn Viên chức Việt Nam, hiện nay, Tổng LĐLĐ Việt Nam xác định đây là đối tượng vẫn còn tổ chức công đoàn và vẫn hoạt động bình thường như công đoàn cơ sở trước đây.
Việc sắp xếp công đoàn cơ sở này hiện nay Đoàn Chủ tịch Tổng LĐLĐ Việt Nam đang giao Ban Tổ chức (Tổng LĐLĐ Việt Nam) phối hợp với Công đoàn Viên chức Việt Nam xây dựng các đề án để làm sao chuyển công đoàn cơ sở này về công đoàn ngành hoặc tương đương, hoặc địa phương để phù hợp với ngành nghề của đơn vị đó, cũng như của công đoàn đó. Thời điểm chuyển đổi mô hình hoàn thành trước ngày 15/6.
