Theo quy định, Quỹ Đổi mới công nghệ quốc gia là quỹ tài chính Nhà nước ngoài ngân sách trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ, hoạt động không vì mục đích lợi nhuận, thực hiện chức năng cho vay ưu đãi, hỗ trợ lãi suất vay, bảo lãnh để vay vốn và hỗ trợ vốn (hỗ trợ tài chính) cho các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân thực hiện nghiên cứu, ứng dụng, chuyển giao, đổi mới và hoàn thiện công nghệ
Quỹ hoạt động theo mô hình Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ. Mục đích hoạt động của Quỹ nhằm hỗ trợ doanh nghiệp chuyển giao, đổi mới, hoàn thiện công nghệ được khuyến khích chuyển giao quy định tại Luật Chuyển giao công nghệ; thúc đẩy việc chuyển giao công nghệ phục vụ phát triển nông nghiệp ở vùng nông thôn, miền núi, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn.
Đồng thời, Quỹ hỗ trợ ươm tạo công nghệ, ươm tạo doanh nghiệp khoa học và công nghệ, giải mã công nghệ; hỗ trợ đào tạo nhân lực khoa học và công nghệ phục vụ việc chuyển giao, đổi mới, hoàn thiện công nghệ. Quỹ có nhiệm vụ tiếp nhận, quản lý và sử dụng các nguồn vốn từ ngân sách Nhà nước, các nguồn tài chính tài trợ hợp pháp, các khoản đóng góp tự nguyện của doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước; tổ chức xét chọn nhiệm vụ, dự án để Quỹ hỗ trợ tài chính; xây dựng quy định về hỗ trợ tài chính và quyết định mức hỗ trợ tài chính một cách minh bạch; thẩm định tài chính, kiểm tra, quản lý quá trình thực hiện nhiệm vụ, dự án và tổ chức đánh giá kết quả thực hiện nhiệm vụ, dự án được Quỹ hỗ trợ tài chính.
Quỹ có thẩm quyền đình chỉ việc hỗ trợ tài chính hoặc thu hồi kinh phí đã hỗ trợ khi phát hiện doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân thực hiện nhiệm vụ, dự án vi phạm các quy định về sử dụng vốn của Quỹ; giải quyết các khiếu nại; khởi kiện đối với doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân vi phạm hợp đồng và cam kết với Quỹ theo quy định của pháp luật; hỗ trợ vốn đối với các nhiệm vụ do doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân thực hiện được Thủ tướng Chính phủ hoặc Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ giao cho Quỹ thông qua các chương trình, nhiệm vụ khoa học và công nghệ, bảo đảm nguyên tắc ngân sách nhà nước không hỗ trợ kinh phí cho các nhiệm vụ, Chương trình khoa học và công nghệ cấp Quốc gia trong trường hợp các nhiệm vụ, Chương trình này đã được hỗ trợ từ nguồn vốn của Quỹ trong cùng một thời điểm…