Theo Quyết định số 27/2022/QĐ-TTg ngày 19/12/2022, cơ cấu tổ chức của Học viện Hành chính Quốc gia gồm 21 đơn vị, trong đó có: Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia tại Thành phố Hồ Chí Minh; Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia khu vực Miền Trung và Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia khu vực Tây Nguyên. Các đơn vị này được sửa đổi tại Quyết định 06/2024/QĐ-TTg thành: Phân hiệu Học viện Hành chính Quốc gia tại Thành phố Hồ Chí Minh; Phân hiệu Học viện Hành chính Quốc gia tại tỉnh Quảng Nam; Phân hiệu Học viện Hành chính Quốc gia tại tỉnh Đắk Lắk.
Bên cạnh đó, Quyết định 06/2024/QĐ-TTg cũng sửa đổi, bổ sung khoản 4 Điều 5 Điều khoản chuyển tiếp như sau: Hoạt động đào tạo các trình độ của giáo dục đại học tại trụ sở chính và Phân hiệu của Học viện được thực hiện theo quy định của pháp luật.
