Công điện yêu cầu các cơ quan, đơn vị, địa phương và nhân dân trong tỉnh khẩn trương rà soát, kiểm đếm tàu thuyền, phương tiện, thông báo, hướng dẫn cho các chủ tàu hướng di chuyển của bão để chủ động ra khỏi vùng nguy hiểm, tìm nơi tránh trú an toàn; tạm hoãn các cuộc họp không cần thiết, không liên quan đến công tác phòng chống bão, mưa lũ sau bão.
Chủ tịch Ủy ban nhân dân các huyện, thị xã, thành phố tăng cường kiểm tra, kiểm soát, đôn đốc chỉ đạo công tác ứng phó với mưa bão trên địa bàn; kiên quyết di dời, sơ tán người, phương tiện và tài sản ra khỏi các khu vực nguy hiểm, nhất là khu vực ven biển, trên các lồng bè nuôi trồng thủy sản, nơi có nguy cơ xảy ra sạt lở đất, ngập lụt. Thời gian hoàn thành di dời trước 18 giờ ngày 9/11. Đồng thời, các địa phương tổ chức lực lượng rà soát các khu dân cư vùng trũng thấp, vùng có nguy cơ cao xảy ra lũ quét, sạt lở đất, các tuyến đường đi qua ngầm tràn; cắm biển báo, cấm, bố trí lực lượng chốt chặn để người dân biết, chủ động phòng tránh, hạn chế đi lại.
Để chủ động ứng phó với bão số 12, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Phú Yên đã ban hành văn bản 975/SGĐT-VP yêu cầu Phòng Giáo dục và Đào tạo các huyện, thị xã, thành phố thông báo cho phép học sinh Mầm non, Tiểu học, Trung học Cơ sở, Trung học Phổ thông, Giáo dục thường xuyên nghỉ học ngày 10/11. Trường hợp bão số 12 gây ngập lụt, sạt lở mất an toàn, lãnh đạo các trường chủ động tiếp tục cho học sinh tạm nghỉ học để đảm bảo an toàn; có phương án bảo vệ tài sản, thiết bị dạy học, duy trì lực lượng ứng trực tại cơ quan đơn vị 24/24.
Trước đó, sáng 9/11, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên đã ban hành lệnh cấm biển.
Theo Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia và Đài Khí tượng Thủy văn Phú Yên, do ảnh hưởng của bão số 12 kết hợp không khí lạnh từ đêm 9/11, vùng biển Quảng Ngãi đến Ninh Thuận có mưa, gió mạnh lên cấp 6-7, vùng gần tâm bão đi qua cấp 8-9, giật cấp 11, sóng biển cao từ 3-5m. Đến 4 giờ ngày 10/11, vị trí tâm bão số 12 ở khoảng 12,7 độ vĩ Bắc, 110,4 độ kinh Đông, cách bờ biển tỉnh Phú Yên đến Ninh Thuận khoảng 120 km về phía Đông, sức gió mạnh nhất vùng tâm bão mạnh cấp 9, giật cấp 11.